摘要：
本文的操作是在VMD 1.8.6中进行。 想作出下面的图吗？ 想让体系中的原子在每一帧都可以按某一属性（能量、位移、破坏程度等等）进行着色吗？ 那就阅读本文吧！ 只要是对原子根据某一数值进行着色，本文的方法都可以实现，对单帧或多帧都适用。 一、准备数据文件 1、首先是需要用来着色的轨迹文件，单帧或多 阅读全文
摘要：
内部建模 内部建模，即使用LAMMPS提供的命令建立模型。这种方法主要用于构建比较简单和标准的体系。 相关命令主要有4个： lattice：定义晶格类型； region：定义模拟盒子的大小； create_box：创建模拟盒子； create_atoms：在模拟盒子中创建原子。 当然，创建模型不仅限 阅读全文
摘要：
LAMMPS Data Format Return to top-level of LAMMPS documentation This file describes the format of the data file read into LAMMPS with the "read data" c 阅读全文
摘要：
一般来说，时间步长应该设为分子运动的最小振动周期的1/10 左右为宜。在化学分子中振动周期最短的是碳氢键的伸缩振动，其特征振动频率大约是3000cm-1，其振动周期大约是10fs。所以通常的分子动力学时间步长最高不能高于1fs。 http://blogold.chinaunix.net/u2/857 阅读全文
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