05 2020 档案

跟着jmzeng学习GEO数据分析-GEO42872_1
摘要：f='GSE42872_eSet.Rdata' ##原文操作如此，是不是作者的习惯，先命名 # https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE42872 library(GEOquery) # 这个包需要注意两个配置，一般来说自动化的配置 阅读全文
posted @ 2020-05-31 22:45 月光边境Eric 阅读(2204) 评论(0) 推荐(0)
%in%-ls()-rm(list = ls())
摘要：R中 %in% 的含义（from lzmcbody的回答）： 每个元素都会被判断一次，返回逻辑值。 ls() 列出当前工作环境中所有变量--GEO数据step1用到的 > ls() [1] "a" "dat" "gpl" "group_list" "gset" "ids" [7] "pd" "pro 阅读全文
posted @ 2020-05-31 07:35 月光边境Eric 阅读(354) 评论(0) 推荐(0)
getGEO()无法下载文件：InternetOpenUrl失败:’无法与服务器建立连接'
摘要：其实加载GEOquery包的时候就出现options()的这行代码 > library(GEOquery) 载入需要的程辑包：Biobase 载入需要的程辑包：BiocGenerics 载入需要的程辑包：parallel 载入程辑包：‘BiocGenerics’ The following obje 阅读全文
posted @ 2020-05-27 07:22 月光边境Eric 阅读(4739) 评论(0) 推荐(0)
read.table()-1
摘要：所以打开读取GSE42872_series_matrix.txt.gz文件时，参数comment.char = "!"就表示!后面的注释文件不用读取。 > exprSet <- read.table("GSE42872_series_matrix.txt.gz",sep = "\t",fill = 阅读全文
posted @ 2020-05-26 18:43 月光边境Eric 阅读(409) 评论(0) 推荐(0)
从Bioconductor安装包
摘要：以GEOquery为例 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GEOquery") 阅读全文
posted @ 2020-05-26 17:36 月光边境Eric 阅读(415) 评论(0) 推荐(0)
热图一
摘要：p <- ggplot(data_m, aes(x=variable,y=ID)) + xlab("samples") + theme_bw() + theme(panel.grid.major = element_blank()) + theme(legend.key=element_blank( 阅读全文
posted @ 2020-05-25 08:59 月光边境Eric 阅读(135) 评论(0) 推荐(0)
R语言学习-绘制热图初步
摘要：> txt <- "ID;Zygote;2_cell;4_cell;8_cell + Gene_1;1;2;3;4 + Gene_2;6;5;4;5 + Gene_3;0.6;0.5;0.4;0.4" > txt [1] "ID;Zygote;2_cell;4_cell;8_cell\nGene_1 阅读全文
posted @ 2020-05-24 15:36 月光边境Eric 阅读(535) 评论(0) 推荐(0)
访问数据框和矩阵的一点区别-拾遗
摘要：> data[1:3,] ##data[1:3,]与data[1:3]的不同，前者访问前三行，后者访问前三列，等同于data[,1:3] untrt_N61311 untrt_N052611 untrt_N080611 untrt_N061011 trt_N61311 FN1 245667.66 4 阅读全文
posted @ 2020-05-23 18:17 月光边境Eric 阅读(568) 评论(0) 推荐(0)
PCA
摘要：#加载R包 > library(psych)> library(reshape2)> library(ggplot2)> library(factoextra) ##提前把名为ehbio_salmon.DESeq2.normalized.symbol.txt的文件放在工作目录，以制表符分割的.txt 阅读全文
posted @ 2020-05-21 19:34 月光边境Eric 阅读(1116) 评论(0) 推荐(0)