摘要：
数据文件 Rscript ##批量读取数据 file <- list.files(pattern="mating.index.data") ##循环处理 merge.data <- list() n = length(file) for (f in 1:n){ hal.tree<-read.tree 阅读全文
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主要有5款软件，MutationTaster Provean PolyPhen2 MutationAssessor SIFT MutationTaster：通过检测序列进化保守性、剪切位点的改变、蛋白特征的丢失、以及mRNA产量的变化，然后用Grantham 矩 阵 评 分和naive Bayes 阅读全文
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1. 输入数据 2. Rscript 读取数据 a2值和p value值 lm_labels 阅读全文
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1. 有时候标题过长，想处理成两行，可以使用paste函数 main=paste( substitute(…), substitute(…) ) 阅读全文
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在真核生物中，大多数基因可以编码多个蛋白质，这是因为基因经过可变剪接，可产生多个转录异构体，从而大大增加了基因组的蛋白编码潜力。来自同一个基因的可变剪接异构体可能有着明显不同、甚至拮抗的作用。为了研究基因表达，研究人员利用新一代测序方法研究了生物体各个基因的片段，这种方法通常称为RNA测序（RNA 阅读全文
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第三代测序技术是指单分子测序技术，在测序过程中不需要涉及PCR扩增，实现了对每一条DNA分子的单独测序。三代测序技术具有超长读长，还拥有不需要模板扩增、运行时间较短、直接检测表观修饰位点、较高的随机测序错误等特点。它弥补了第二代测序读长短、受GC含量影响大等局限性，已在小型基因组从头测序和组装中有较 阅读全文
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`本文仅为个人记录` 流程说明 "从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第3节 数据质控" "2015a" "2016a" "全基因组测序数据获取后应该怎么分析" samtools "samtools常用命令详解" "samtools flag查询" bwa "BWA 命令详解" 阅读全文
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NCBI上下载的原始数据为SRA数据，而适用于大部分生物软件的是fastq格式，所以我们需要将sra格式的原始数据转为fastq格式。NCBI提供了数据转换的软件fastq dump。 1、下载软件 解压后软件就在 2、转换格式 使用基本命令行 但是这个默认使用方法得到结果往往很糟, 比如说他默认会 阅读全文
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Endnote可以满足大部分文献格式的需求，特别是各大杂志都可以从网上搜到。但有时候我们在撰写基金申请材料，生成个人简历，或者是不记得以前使用的格式对应的杂志名字时，我们可以自定义文献的引用格式，手动DIY编辑一个。 从头开始创建新的文献格式 1. 如何创建及基本信息 Edit Output Sty 阅读全文
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Ensembl是一项生物信息学研究计划，旨在开发一种能够对真核生物基因组进行自动诠释（automatic annotation）并加以维护的软件。该计划由英国维康基金桑格研究院及欧洲分子生物学实验室所属分部欧洲生物信息研究所共同协作运营，这是为了回应人类基因组计划即将完而于1999年启动的 。在存在 阅读全文