正选择分析-PAML discussion group
1. branch-site模型的多个前景枝设定
有两种检测方式：
- 多次分别检测，每次检测一个前景枝，并且去除其他目标前景枝；
- 一次检测多个前景枝，将所有感兴趣的枝都标记为前景枝。这两种检测方式意味着不同的生物学假设，如果是对某一个基因做正选择分析，那么第一种是假设这个基因在目标枝都受到正选择，但受选择的位点不一定是同一个；而第二种检测方式则是假设目标枝在同一个位点受到了正选择。
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2. 祖先节点vs整个clade的所有叶节点标记为前景枝
- 前景枝只标在祖先节点：(((rabbit, rat) #1, human), goat_cow, marsupial);
这表示适应性进化发生在祖先，之后该基因/位点受到纯化选择，从而在该祖先节点下的所有物种都是保守的； - 前景枝标在一个clade下的所有叶节点：(((rabbit #1, rat #1), human), goat_cow, marsupial);
前提假说将是该基因在所有分支上处于相同的选择压力下，并且一直处于不断变化或多样化的压力之下，参与防御或免疫相关的基因可能是这种情况。
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3. 是否要做FDR校正
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4. 树对正选择的影响
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