PhastCons

PhastCons是根据phylo-HMM模型对序列的保守性进行计算。

PhastCons的输入是一个带有枝长的系统发育树和比对好的序列，系统发育树需要用中性位点来构建，我们要找的保守序列在演化过程中受到纯化选择或负选择，而中性位点是一种nonconserved的状态，可以用来作为背景去估算conserved状态的枝长。conserved状态的枝长都要低于nonconserved状态的枝长，因为序列越保守，序列相似度就越高，代表枝长的替换速率就越低。

未完待续。。
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