变异位点有害性软件评估

主要有5款软件，MutationTaster>Provean>PolyPhen2 >MutationAssessor>SIFT

• MutationTaster：通过检测序列进化保守性、剪切位点的改变、蛋白特征的丢失、以及mRNA产量的变化，然后用Grantham 矩 阵 评 分和naive Bayes classifier来评估致病性的可能性。有3种不一样的模型（同义突变、AA简单突变、AA复杂突变），3个模型使用不同的数据来训练模型得到一个先验概率，来计算query变异的后验概率。

• Provean: 依据进化保守性、神经网络模型、BLOSUM62氨基酸替换打分矩阵预测

• PolyPhen2: 基于进化保守性与蛋白的三维结构,利用贝叶斯分类器计算后验概率来预测突变的致病性

• MutationAssessor: 则是基于进化保守性进行预测，主要用于cancer

• SIFT: 通过进化保守性和位置特异打分矩阵 PSSM进行预测，通过寻找近似的序列，进行比对，计算发生碱基替换的概率，小于0.05被认为是有害的

Ensembl Variation - Pathogenicity predictions
https://m.ensembl.org/info/genome/variation/prediction/protein_function.html#MutationAssessor