摘要：
在shell命令行可以直接批量修改文件名，如 如果将文件名中的“_”替换成"-",代码如下 一步到位,同样，如果要添加后缀代码如下 阅读全文
摘要：
annovar一般只包含人类基因组注释数据库，其他的物种如小鼠需要自己进行建立注释信息。 第一步：下载annovar软件上Annovar官网下载（http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/），现在要邮件注册 阅读全文
摘要：
假设我们定义了一个变量为： file=/dir1/dir2/dir3/my.file.txt 可以用${ }分别替换得到不同的值： ${file#*/}：删掉第一个 / 及其左边的字符串：dir1/dir2/dir3/my.file.txt ${file##*/}：删掉最后一个 / 及其左边的字符串 阅读全文
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数字PCR(digital polymerase chain reaction，dPCR)作为DNA定量的新技术，实现了单分子DNA绝对定量。dPCR是将单个DNA样品反应液分别进行数以百计的反应，并且每个反应分别进行扩增检测. 此技术在临床诊断、转基因成分定量、单细胞基因表达、环境微生物检测和下一 阅读全文
摘要：
ANNOVAR是一个perl编写的命令行工具，能在安装了perl解释器的多种操作系统上 执行。允许多种输入文件格式，包括最常被使用的VCF格式。输出文件也有多种格式，包括注释过的VCF文件、用tab或者逗号分隔的text文件。 ANNOVAR能快速注释遗传变异并预测其功能。类似的variants注释 阅读全文
摘要：
文|邓凯 数据分析重要性 越来越多的管理者意识到数据分析对经济发展、企业运营的重要意义。 在古代，得琅琊阁者得天下 现在，得大数据者得天下。 我总结的数据分析五步走： 1、锁定分析目标，梳理思路，叫纸上谈兵; 2、把杂乱的数据整理出图表报表，用数据探业务，叫自问数答; 3、锁定核心抓重点，设定最终算 阅读全文
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因为我们测序的时候，引物用的是hg19作为参考序列的，但是就目前来说，hg38注释信息更为丰富。因此，我们决定将call出来的hg19的snv位点转化为hg38,进而用annovar进行注释。 之前有一篇转载的博文，就如何将不同类型的参考基因组进行转换。我们用已经转化好的bed(chrom,star 阅读全文
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一、计算文件的行数 最简单的办法是把文件读入一个大的列表中,然后统计列表的长度.如果文件的路径是以参数的形式filepath传递的,那么只用一行代码就可以完成我们的需求了: count = len(open(filepath,'rU').readlines()) 如果是非常大的文件,上面的方法可能很 阅读全文
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# coding=utf-8 #append # append是list（列表）的方法，函数参数是可以是任意一个元素，作用是在列表的最后添加上这个新元素。例如a=[1,2,3]则 # a.append(4)以后a就是[1,2,3,4] a = [1,2,3] print a a.appen... 阅读全文
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对于circos图想必大家并不陌生，但是一般自己安装circos软件着实有点儿麻烦。而在R中的OmicCircos包却能让你很好的解决问题，可以去画一些简单的而又不落俗套的circos图 1,首先是下载 2,下载后之后在Ｒ中载入包 3,对OmicCircos的一些函数的了解 3.1函数的认识 Omi 阅读全文