Falcon安装

1           安装需要准备：

(1)Python2.7.9

 

下载地址：https://docs.continuum.io/anaconda/install

(2)pypeFLOW

https://github.com/pb-jchin/pypeFLOW

(3)DAZZ_DB

https://github.com/pb-jchin/DAZZ_DB.git

(4)DALIGNER

https://github.com/pb-jchin/DALIGNER.git

(5) FALCON

https://github.com/PacificBiosciences/FALCON

2           安装步骤

2.1          Anaconda的安装：

从上面的网址下载安装包2.2.0版本（对应的Python2.7.9）

 

然后sh运行，

 

点回车继续，

 

出来一些说明点回车翻页（不能按太快），

 

按回车太快的结果就是这样，不输入yes没法继续

 

输入yes继续

 

这是该输入新安装路径，输入你所想要的路径，回车继续，

 

这就开始安装了，等他安装完自动退出，然后添加bin文件夹到环境变量就可以使用功能强大的anaconda了。

 

2.2          Python虚拟环境创建

使用 conda create -n your_env_name python=X.X（2.7、3.6等） anaconda 命令创建python版本为X.X、名字为your_env_name的虚拟环境。your_env_name文件可以在Anaconda安装目录envs文件下找到。

虚拟环境激活

  Linux:  source activate your_env_name(虚拟环境名称)

  激活可能会比较慢

虚拟环境关闭

  Linux: source deactivate

虚拟环境删除

  使用命令conda remove -n your_env_name(虚拟环境名称) --all， 即可删除。

删除虚拟环境中某一个包

  使用命令conda remove --name $your_env_name  $package_name 即可。

对虚拟环境中安装额外的包

  使用命令conda install -n your_env_name [package]即可安装package到your_env_name中。

 

2.3          pypeFLOW安装

先打开Python虚拟环境，

从https://github.com/pb-jchin/pypeFLOW下载源码压缩包，

Unzip解压，进入解压出来的文件夹（通常是这个文件夹pypeFLOW-master）

输入python setup.py install，点回车运行。

2.4          DAZZ_DB安装

从https://github.com/pb-jchin/DAZZ_DB.git下载源码，解压，解压出来的是DAZZ_DB-master，所以mv DAZZ_DB-master DAZZ_DB给他改名让他不当老师，因为后面的DALIGNER比较傲娇，对当了老师的DAZZ_DB非常不服直接报错。进入DAZZ_DB文件夹运行make对源码进行编译

编译完成后将DBrm DBshow DBsplit DBstats fasta2DB等几个文件复制到我们刚才安装的anaconda/envs/your_env_name/bin目录下。

2.5          DALIGNER安装

从https://github.com/pb-jchin/DALIGNER.git下载源码，解压，

mv DALIGNER-master DALIGNER，进入DALIGNER文件夹make进行编译，

复制daligner daligner_p DB2Falcon HPCdaligner LA4Falcon LAmerge LAsort到

anaconda/envs/your_env_name/bin目录下。

2.6          FALCON安装

从https://github.com/PacificBiosciences/FALCON下载源码，

解压，进入解压的文件夹sh运行travis.sh 进行安装，如果前面的步骤没出错的话就能顺利地安装。

 

 

3           Falcon测试路径：/NJPROJ2/Plant/Assembly/reheman/reheman/falcon/test01