falcon安装
简单的方法（在新目录中）：
请确保您的默认python版本是2.7.9。
export GIT_SYM_CACHE_DIR=~/.git-sym-cache # to speed things up
git clone git://github.com/PacificBiosciences/FALCON-integrate.git
cd FALCON-integrate
git checkout develop # or whatever version you want
git submodule update --init --recursive # Note: You must do this yourself! No longer via `make init`.
make init
source env.sh
make config-edit-user
make -j all
make test # to run a simple one
看看travis.sh，这正是我们在TravisCI测试中运行的。
安装类型
Python模块将根据您的环境进行安装。
- 您可以使用
sudo和您的标准安装。 - 你可以使用一个virtualenv。
- 您也可以直接安装到您
PYTHONUSERBASE。
其他可执行文件将进入${FALCON_PREFIX}/bin，必须已经存在。
mkdir -p ${FALCON_PREFIX}/bin
标准安装
这是更永久的，而不是开发者。Python模块进入您当前的站点包，因此 ，如果需要，您可以在virtualenv中运行此操作。只要记住在安装之前激活你的virtualenv。
其他可执行文件复制到${FALCON_PREFIX}/bin而不是符号链接。
bash config-standard.sh
开发安装
这是最安全的 我们使用的pip install --edit是，您的Python代码中的任何更改都会立即反映在您的安装中。再次，一个 virtualenv是好的，如果你想要的。
其他可执行文件${FALCON_PREFIX}/bin作为符号链接安装。
bash config-edit.sh
开发安装到Python用户库
这最不可能失败。与常规的“开发安装”类似，我们使用pip install --edit --userFALCON Python模块保留在您的前端sys.path，但所有更新的Python模块都可以进入您当前的site.USER_BASE控件${PYTHONUSERBASE}。
bash config-edit-user.sh
依赖
Python的2.7.9
我们建议使用蟒蛇。
如果您使用Anaconda，请记住将您的Python目录添加到您的PATH。
果仁
我们pip在这里使用 如果没有它，我们会自动为您安装它，通过make pip-install在FALCON-化妆。
混帐
您还需要一个最新版本的git，至少1.7对于完整的子模块支持。
路径
在运行测试之前，您需要添加新bin的PATH。例如
export PYTHONUSERBASE=$(python -c 'import site; print site.userbase')
export PATH=${PYTHONUSERBASE}/bin
说明
一个生成文件在FALCON集成的呼叫到生成文件中FALCON-化妆，有可能在一个Python 的virtualenv。
FALCON-make构建并安装依赖项，并在 FALCON示例中运行冒烟测试。
FALCON示例包含各种测试用例，其中一些可以公开发布。它使用 git-sym来检索数据，以便使存储库大小保持不变。您可以使用 FALCON-examples作为自己测试的模板。
选择一个版本
我们使用git的标记功能跟踪一组特定的子模块组合。如果你想跟踪你自己的修改，你应该分叉相关资料库，进行修改，并使用你自己的FALCON-integrate分支来追踪它。最新的标签版本在这里。要安装它，它与安装最新的主分支相同，但是您需要添加git checkout <version以指定依赖子模块的特定组合。
的virtualenv
我们中有些人更喜欢依靠PYTHONUSERBASE而不是virtualenv，这在Centos7上可能有问题。但是如果你想自己尝试virtualenv，请注意以下警告。
Python检查PYTHONPATH前面的目录site-packages/。这就是Python的工作原理。所以如果你使用的是virtualenv，那么你必须注意你已经存在的任何东西PYTHONPATH。或者干脆unset PYTHONPATH。
