OA_maque - 博客园

将给定序列翻译成蛋白质序列

摘要：利用 dictionary 可以将给定的cDNA序列翻译成蛋白序列 1 #!/bin/python 2 # Dictionary protein translation 3 4 my_dna = open("/home/maque/my_dna.txt").read().replace('\n',... 阅读全文

posted @ 2015-09-17 20:11 OA_maque 阅读(887) 评论(0) 推荐(0) 编辑

统计给定序列的AT-content ，并设置小数点位数

摘要：习题来源： Python for Biologists： A complete programming course for beginner 1 #!/bin/python 2 # calculate the AT content of a DNA seq 3 4 def get_at_cont... 阅读全文

posted @ 2015-09-17 19:18 OA_maque 阅读(263) 评论(0) 推荐(0) 编辑

如何在一序列中寻找E-BOX 元件，并将其变为小写

摘要：给定一个序列，寻找所有的E-BOX motif (CNNTTG) , 并且将其变为小写，用 python 实现如下： 1 #!/bin/python 2 # Date: 2015.8.01 3 # Author: 4 """ Search E-box motif(CNNTTG) in a DNA... 阅读全文

posted @ 2015-09-17 18:42 OA_maque 阅读(775) 评论(0) 推荐(0) 编辑

列出给出序列的crispr 引物

摘要：手动寻找cripsr 引物比较麻烦，而现在有些网站可以完成这一任务，但是，用python 去实现它也很简单。以下是脚本： 1 #!/usr/bin/python 2 # list all crispr-target(20 bp + NGG) 3 4 import re 5 from Bio.Seq... 阅读全文

posted @ 2015-09-14 23:19 OA_maque 阅读(657) 评论(0) 推荐(0) 编辑

统计任意两个正整数之间所有奇数的和

摘要：题目来源: Conditions and Loops 1 #!/usr/bin/python3 2 # sum all odds between two positive integer 3 4 a = int(input("Please input one positive integer > ... 阅读全文

posted @ 2015-09-12 11:10 OA_maque 阅读(642) 评论(0) 推荐(0) 编辑

在Ubuntu 12.04 中如何更换一个更快的软件源？

摘要：在ubuntu 下下载安装软件使用不同的镜像源速度差异非常大，官方的那个比较慢，所以选择最快的最有效率。设置方法不一，网上教程比较常见的是自己手动去更改更新源列表，把特定版本的源列表直接复制到 /etc/apt/sources.list 文件中，但是有时候源文件会失效，而且不一定每次源文件都是跟自... 阅读全文

posted @ 2015-09-12 09:20 OA_maque 阅读(529) 评论(0) 推荐(0) 编辑

去掉文件中重复的元件，生成无重复的列表

摘要：有一个文件，内容如下 file_name1 file_name4 file_name3 file_name11 file_name7 file_name1 file_name3 file_name1 file_name8 文件里有重复的名字，现想去掉重复的，只保留一个，用 python 脚本实现，代... 阅读全文

posted @ 2015-09-11 15:43 OA_maque 阅读(272) 评论(0) 推荐(0) 编辑

sra-tools 的安装与简单使用

摘要：本文主要介绍如何安装和使用 sra tools 这个软件，主要用途还是把NGS序列原始数据从 sra 格式转换到 fastq 格式，以便于后续的数据分析。下载 "SRA Toolkit" 可以直接下载已经编译过的软件。无需自己再编译。文档安装，使用 "SRA Toolkit... 阅读全文

posted @ 2015-09-11 15:31 OA_maque 阅读(8400) 评论(0) 推荐(0) 编辑

python 之 dictionary

摘要：主要是关于 dictionary 的官方文档。总的来说， dict 这个类型不如其他类型那么灵活多变，用法比较固定，无论怎么变，基本上都是关于 key value 的。标准库中的文档不算长，已经是简明厄要了，不需要再自己去挑选什么的，所以当前需要参考还是以该文档为主。 "Mapping Ty... 阅读全文

posted @ 2015-09-10 15:22 OA_maque 阅读(152) 评论(0) 推荐(0) 编辑

ubuntu 下安装最新版本的R-以及RStudio

摘要：主要说一下在ubuntu 下如何安装最新版本的R以及安装目前比较流行易用的IDE RStudio 下载 "下载镜像" 这个镜像在国内速度比较快，选择 Precompiled binary distributions, 后面安装会很简单。安装R 安装直接点右键选择 open with... 阅读全文

posted @ 2015-09-10 11:26 OA_maque 阅读(901) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Ubuntu 下输入法安装

摘要： ubuntu 下的 ibus 不是很好用，网上建议安装Fcitx 框架, 主要的网上教程如下： "Ubuntu 14.04 LTS中怎样安装fcitx中文输入法" "Ubuntu安装Fcitx(小企鹅五笔输入法)" 阅读全文

posted @ 2015-09-10 10:54 OA_maque 阅读(94) 评论(0) 推荐(0) 编辑

python 之 Sequence Types — list, tuple, range

摘要： python有不同的序列类型，三个基本的为list, tuple, range； string 与 dictionary 单独去解析。关于这一块，标准库的文档讲的非常好，没必要再贴过来 "Sequence Types — list, tuple, range" "Lists" "T... 阅读全文

posted @ 2015-09-09 19:07 OA_maque 阅读(423) 评论(0) 推荐(0) 编辑

python 之 string

摘要：因为用 python 主要还是集中在字符处理等上，所以有必要加深学习，今天首先学习一下 string 的一些方法，虽然也有 string 这个 module ，但是内置的 string.method 应该也挺丰富的，很多东西是重合的。并且由于 python 3.4 目前已经默认支持中文编码，而... 阅读全文

posted @ 2015-09-08 19:51 OA_maque 阅读(360) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Linux command line notes

摘要： $: ls [打开文件夹] $: ls -l [显示详细的信息，包括文件的权限信息] $: ls -a [打开所有文件，包括隐藏的文件] $: pwd [显示当前终端所在的路径，或者在哪个文件夹下工作] $: cd [该命令用来返回到默认的文件夹下，... 阅读全文

posted @ 2015-04-07 16:37 OA_maque 阅读(183) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Bioconductor Workflows

摘要： http://www.bioconductor.org/help/workflows/该网站提供来几个常见的利用Bioconductor 进行分析的一个过程，对于利用R语言进行生物信息学分析来说很有帮助。阅读全文

posted @ 2015-04-07 15:31 OA_maque 阅读(156) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Tutorials for the WGCNA package

摘要： http://labs.genetics.ucla.edu/horvath/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/index.html 阅读全文

posted @ 2015-04-07 15:24 OA_maque 阅读(269) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Ubuntu 12.04 英文版中安装谷歌输入法

摘要： System Settings-->Language Support-->Install/Remove Languages选择 Chinese由于系统已经默认安装来 IBUS 输入法框架，所以可以直接安装输入法：ubuntu:~$ sudo apt-get install ibus-googlepi... 阅读全文

posted @ 2015-04-07 15:08 OA_maque 阅读(180) 评论(0) 推荐(0) 编辑