OA_maque - 博客园

基因芯片的简单分析

摘要：本文主要介绍一下基因芯片的简单分析过程。文档参考 "Using Bioconductor for Microarray Analysis" "affy" "limma" 可以经常看看这个，比较全面 "Processing Affymetrix Gene Expression Arrays" ... 阅读全文

posted @ 2015-10-09 17:59 OA_maque 阅读(2578) 评论(0) 推荐(0) 编辑

RNA-seq 数据的简单分析

摘要：主要介绍如何分析RNA seq 数据参考文档 "Wikipedia RNA seq" paper: "RNA Seq: a revolutionary tool for transcriptomics" "TopHat " "Cufflinks" "CummeRbund" "TopHat... 阅读全文

posted @ 2015-10-08 20:56 OA_maque 阅读(13387) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Flexbar 的安装

摘要：安装 Flexbar "Flexbar" "github flexbar" 下载 $ wget http://downloads.sourceforge.net/project/flexbar/2.5/flexbar_v2.5_linux64.tgz 解压 $ tar... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:26 OA_maque 阅读(834) 评论(0) 推荐(0) 编辑

SAMStat 的安装

摘要：安装 SAMStat "SAMStat" 下载 $ wget http://downloads.sourceforge.net/project/samstat/samstat 1.5.tar.gz 解压 $ tar xzvf samstat 1.5.tar.gz 编译由... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:24 OA_maque 阅读(549) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Picard 的安装

摘要：安装 Picard "picard" 下载 $ wget https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/1.124/picard tools 1.124.zip O picard tools 1.124.zip ... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:23 OA_maque 阅读(4912) 评论(0) 推荐(0) 编辑

FastQC 的安装

摘要：安装 FastQC "FastQC" 下载 $ wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.3.zip 解压 $ unzip fastqc_v0.11.3.zip 设置... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:23 OA_maque 阅读(4679) 评论(0) 推荐(0) 编辑

HTSeq 的安装

摘要： htseq count 的安装 "HTSeq: Analysing high throughput sequencing data with Python" "Prequisites and installation" 安装依赖的组件 $ sudo apt get install... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:22 OA_maque 阅读(4636) 评论(0) 推荐(0) 编辑

STAR 的安装

摘要： STAR 的安装 "github STAR" 下载 $ wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/STAR_2.4.2a.tar.gz 解压 $ tar xzf STAR_2.4.2a.tar.gz 编译安装 $... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:19 OA_maque 阅读(1864) 评论(0) 推荐(0) 编辑

cufflinks 2 的安装

摘要：安装 cufflinks2 "Cufflinks" "github cufflinks" 下载最新预编译版本 $ wget http://cole trapnell lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks 2.2.1... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 10:30 OA_maque 阅读(2962) 评论(0) 推荐(0) 编辑

TopHat2 的安装

摘要：安装 TopHat2 下载最新预编译版本 $ wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat 2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz 解压 $ tar zxvf tophat 2.1.0.Linux_x... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 10:17 OA_maque 阅读(3636) 评论(0) 推荐(1) 编辑

bam-readcount 的安装

摘要：安装 bam readcount "bam readcount" 需要提前安装 git 和 cmake 如果都没有安装的话，可以一条命令： $ sudo apt get install build essential git core cmake zlib1g dev libncur... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 10:15 OA_maque 阅读(2630) 评论(0) 推荐(0) 编辑

samtools 的使用

摘要：主要介绍一下 SAMtools 的用法。它被誉为 NGS 里面的瑞士军刀，功能很是强大，所以值得好好学习一番。文档参考 "总站" "samtools mannual" "github samtools" "标准流程" 推荐： "blog SAMtools: ... 阅读全文

posted @ 2015-09-23 01:43 OA_maque 阅读(2699) 评论(0) 推荐(0) 编辑

比对程序 Bowtie 的简单使用

摘要：主要简述 bowtie 的入门用法，完成从原始序列到最后mapping 之后的 sam格式文件。参考文档最重要的参考文档还是官方文档： "Bowtie mannual" "Getting started with Bowtie" "github bowtie" ... 阅读全文

posted @ 2015-09-22 09:43 OA_maque 阅读(3402) 评论(0) 推荐(0) 编辑

比对程序 Bowtie2 的简单使用

摘要：主要简述 bowtie2 的入门用法，完成从原始序列到最后完成mapping 之后的 sam格式文件。参考文档最重要的参考文档还是官方文档： "Bowtie2 mannual" "Getting started with Bowtie 2" "文献: Fast gap... 阅读全文

posted @ 2015-09-21 21:43 OA_maque 阅读(4034) 评论(0) 推荐(0) 编辑

比对程序 BWA 的简单用法

摘要：本文主要非常简要地介绍一下基因组二代测序序列比对程序 BWA 的使用：帮助文档 "Manual Reference Pages" "github bwa" "文献: Fast and accurate short read alignment with Burrows Wh... 阅读全文

posted @ 2015-09-21 20:06 OA_maque 阅读(2395) 评论(0) 推荐(0) 编辑

文本处理之 awk

摘要：主要介绍 awk 的用法，是非常强大的一门语言，自然是很复杂，入门级别先掌握基本的再说吧。主要还是从网上比较好的教程开始。 1. man awk man awk | less 2. The GNU Awk User’s Guide "The GNU Awk User’s Gu... 阅读全文

posted @ 2015-09-20 20:20 OA_maque 阅读(150) 评论(0) 推荐(0) 编辑

文本处理之 sed

摘要： sed 命令也是非常有用，主要用来将数据进行选取，替换，删除，新增等操作。以下先列几个不错的网上教程: 1. man sed man sed | less 2. sed mannual "sed mannual" 3. sed introduction "sed... 阅读全文

posted @ 2015-09-20 16:12 OA_maque 阅读(142) 评论(0) 推荐(0) 编辑

文本处理之 grep

摘要：本文是关于 grep 的一些用法，义为 globally search a regular expression and print ，功能很是强大，利用正则表达式来寻找文本的 pattern，可以作为一个非常好的过滤器，与其他工具结合使用可以达到使一些问题得到巧妙的解决。 grep 学习，... 阅读全文

posted @ 2015-09-20 11:30 OA_maque 阅读(195) 评论(0) 推荐(0) 编辑

python 之正则表达式入门

摘要：正则表达式确实很强大，需要好好学习。但是其语法多样，完全涵盖的话需要一本书去讲解，作为入门级别，为了降低学习曲线以及提高自信心，打算先总结最常用的，最实用的，并且主要用于序列处理的一些知识点。比较常用的符号 "标准库文档参考" "HOW TO" . In the default mode, ... 阅读全文

posted @ 2015-09-19 21:39 OA_maque 阅读(288) 评论(0) 推荐(0) 编辑

如何得到给定序列的互补序列以及反向互补序列

摘要：用 python 实现如下: 1 #!/usr/bin/python 2 # Complementing DNA 3 4 my_dna = "ACTGATCGATTACGTATAGTATTTGCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT" 5 # 由于python 区分大小写，所以先... 阅读全文

posted @ 2015-09-17 20:39 OA_maque 阅读(3652) 评论(0) 推荐(0) 编辑