2015年9月24日

Flexbar 的安装

摘要： 安装 Flexbar "Flexbar" "github flexbar" 下载 $ wget http://downloads.sourceforge.net/project/flexbar/2.5/flexbar_v2.5_linux64.tgz 解压 $ tar... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:26 OA_maque 阅读(894) 评论(0) 推荐(0)

SAMStat 的安装

摘要： 安装 SAMStat "SAMStat" 下载 $ wget http://downloads.sourceforge.net/project/samstat/samstat 1.5.tar.gz 解压 $ tar xzvf samstat 1.5.tar.gz 编译 由... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:24 OA_maque 阅读(564) 评论(0) 推荐(0)

FastQC 的安装

摘要： 安装 FastQC "FastQC" 下载 $ wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.3.zip 解压 $ unzip fastqc_v0.11.3.zip 设置... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:23 OA_maque 阅读(4729) 评论(0) 推荐(0)

Picard 的安装

摘要： 安装 Picard "picard" 下载 $ wget https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/1.124/picard tools 1.124.zip O picard tools 1.124.zip ... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:23 OA_maque 阅读(5193) 评论(0) 推荐(0)

HTSeq 的安装

摘要： htseq count 的安装 "HTSeq: Analysing high throughput sequencing data with Python" "Prequisites and installation" 安装依赖的组件 $ sudo apt get install... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:22 OA_maque 阅读(4822) 评论(0) 推荐(0)

STAR 的安装

摘要： STAR 的安装 "github STAR" 下载 $ wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/STAR_2.4.2a.tar.gz 解压 $ tar xzf STAR_2.4.2a.tar.gz 编译安装 $... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:19 OA_maque 阅读(1965) 评论(0) 推荐(0)

cufflinks 2 的安装

摘要： 安装 cufflinks2 "Cufflinks" "github cufflinks" 下载最新预编译版本 $ wget http://cole trapnell lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks 2.2.1... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 10:30 OA_maque 阅读(3125) 评论(0) 推荐(0)

TopHat2 的安装

摘要： 安装 TopHat2 下载最新预编译版本 $ wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat 2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz 解压 $ tar zxvf tophat 2.1.0.Linux_x... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 10:17 OA_maque 阅读(3772) 评论(0) 推荐(1)

bam-readcount 的安装

摘要： 安装 bam readcount "bam readcount" 需要提前安装 git 和 cmake 如果都没有安装的话，可以一条命令： $ sudo apt get install build essential git core cmake zlib1g dev libncur... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 10:15 OA_maque 阅读(2744) 评论(0) 推荐(0)

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