R 语言之基础用法

本节主要介绍Ｒ的一些常用的基础用法。

参考书籍: "Bioinformatics with R Cookbook"

安装

1. 安装 CRAN 上的包:

    > install.packages("package_name")
   

2. 安装 Bioconductor 上的包:

    > source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
    > biocLite("limma")
   

3. 选择镜像网站(因为默认的镜像网速可能慢):

    对于安装 CRAN 上的包:
    > chooseCRANmirror()
   
    对于安装 Bioconductor 上的包:
    > chooseBioCmirror()
   

常用操作

1. 查看当前用户已安装了什么包:

    > library()
   

2. 查看已安装 R 的版本信息，操作系统，以及已经载入的包的信息:

    > sessionInfo()  # 这个用法还是很方便好用的。
   

3. 查看以及改变当前 Ｒ 的 path:

    > getwd()  # 查看当前的工作目录
    [1] "/home/user"
   
    > setwd("/home/user/Downloads") # 改变当前的工作目录
    [1] "/home/user/Downloads"
   

4. 退出:

    > q()
   

帮助

在Ｒ下一般安装的包很多，每个包的功能也很多，在命令行下熟练掌握 help 的用法是很重要的.

1. 查看Ｒ官网上的基础文档，入门文档:

    > help.start()
   

2. 查看某一特定 function/method 的用法:

    > help(sum) # Accesses help file for function sum
    or
    > ?sum   # Searches the help files for function sum
   
    > library("limma")
    > help(eBayes)
    即可，非常方便
   

3. 在所有已安装的包中以关键词进行搜索某一 function/method :

    > help.search("sum")
    > help.search("heatmap")
    or
    > ??sum
    > ??heatmap
   

4. 查看某一 function/method 的示例：

    > example(heatmap)
    > example(norm)  # 非常的有用
   

5. 查看某一个包的帮助信息:

    > library(limma)
    > help("limma") # 可以看到对这个包的简单介绍。
    > help(package="limma")  # 则可以看到除介绍外所有的 function/method 列表。
   

6. 查看某一个包的文档信息(pdf):

    > vignette(package="affy") # 查看该包有那些文档介绍
    Vignettes in package ‘affy’:
   
    affy                    1. Primer (source, pdf)
    builtinMethods          2. Built-in Processing Methods (source, pdf)
    customMethods           3. Custom Processing Methods (source, pdf)
    vim                     4. Import Methods (source, pdf)
   
    从输出结果可以看到该包有四个文档，想查看某一文档:
    > vignette("vim", package="affy")  # 非常的方便