将给定序列翻译成蛋白质序列
利用 dictionary 可以将给定的cDNA序列翻译成蛋白序列
1 #!/bin/python 2 # Dictionary protein translation 3 4 my_dna = open("/home/maque/my_dna.txt").read().replace('\n', '') # 利用 str.replace() method 将 '\n' 去掉，这样 my_dna 就是一条单一的字符串 5 6 condon_table = {"TTT":"F", "TTC":"F", "TTA":"L", "TTG":"L", 7 "TCT":"S", "TCC":"S", "TCA":"S", "TCG":"S", 8 "TAT":"Y", "TAC":"Y", "TAA":"*", "TAG":"*", 9 "TGT":"C", "TGC":"C", "TGA":"*", "TGG":"W", 10 "CTT":"L", "CTC":"L", "CTA":"L", "CTG":"L", 11 "CCT":"P", "CCC":"P", "CCA":"P", "CCG":"P", 12 "CAT":"H", "CAC":"H", "CAA":"Q", "CAG":"Q", 13 "CGT":"R", "CGC":"R", "CGA":"R", "CGG":"R", 14 "ATT":"I", "ATC":"I", "ATA":"I", "ATG":"M", 15 "ACT":"T", "ACC":"T", "ACA":"T", "ACG":"T", 16 "AAT":"N", "AAC":"N", "AAA":"K", "AAG":"K", 17 "AGT":"S", "AGC":"S", "AGA":"R", "AGG":"R", 18 "GTT":"V", "GTC":"V", "GTA":"V", "GTG":"V", 19 "GCT":"A", "GCC":"A", "GCA":"A", "GCG":"A", 20 "GAT":"D", "GAC":"D", "GAA":"E", "GAG":"E", 21 "GGT":"G", "GGC":"G", "GGA":"G", "GGG":"G"} # create a dictionary contains the codon table 22 23 codon_range = range(0, len(my_dna), 3) # vary clever step 24 protein = "" 25 26 for site in codon_range: 27 codon = my_dna[site:site+3] 28 amino_acid = condon_table[codon] # codon is a 'key' ina dictionary 29 protein = protein + amino_acid 30 31 print(protein)
