比对程序 Bowtie2 的简单使用

主要简述 bowtie2 的入门用法，完成从原始序列到最后完成mapping 之后的 sam格式文件。

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参考文档

最重要的参考文档还是官方文档：

Bowtie2-mannual

Getting started with Bowtie 2

文献: Fast gapped-read alignment with Bowtie 2

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下载，安装

下载：
bowtie2 -2.2.5
下载已经预编译好的软件即可。

安装：
先解压到一个文件夹

    export PATH=$PATH:/home/user/bowtie2/
    如果需要永久设置，需要把上面一行加到 ./bashrc 文件中即可

测试：
在任何目录下：

    $ bowtie2
    # 会出现各种信息，包括版本，用法等等

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以下是比较简单的例子：

建立索引

    $ bowtie2-build tigr7.fq  /media/文档/Bowtie2Index/tigr7
    # bowtie2-build :   是建立 索引
    # tigr7.fa      :   是基因组序列
    # /media/文档/Bowtie2Index/tigr7 : 指的是输出的索引文件 放在 /media/文档/Bowtie2Index/ 目录下，并且所有index文件的前缀名为 tigr7, 

mapping

把原始 fq 序列文件 mapping 到 参考基因组上，生成 sam 格式文件

    /home/bowtie2/bowtie2 -p 4  -x /media/文档/Bowtie2Index/tigr7 -1 /media/文档/1.fq -2 /media/文档/2.fq -S /media/文档/eg2.sam
    # -p 4  指的是用 4 个线程去运行程序
    # -x  指的是 The basename of the index for the reference genome，即后跟 参考基因组的位置
    # -1 /media/文档/1.fq 指的是 paired-end seq 中 的一端测序结果 
    # -2 /media/文档/2.fq 指的是 paired-end seq 中 的另一端测序结果
    # -S /media/文档/eg2.sam 指的是 File to write SAM alignments to

这样， 就生成了所谓的 sam 格式文件， 以便于后续用 samtools 去处理。