西游东行

摘要： | 本文首发于 “生信补给站” https://mp.weixin.qq.com/s/tQt0ezYJj3H7x3aWZmKVEQ 使用tidyverse进行简单的数据处理： 盘一盘Tidyverse| 筛行选列之select，玩转列操作 盘一盘Tidyverse| 只要你要只要我有-filter 阅读全文

摘要： 本文首发于“生信补给站”：https://mp.weixin.qq.com/s/8kz2oKvUQrCR2_HWYXQT4g 如果有maf格式的文件，可以直接oncoplot包绘制瀑布图，有多种展示和统计maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot（瀑布图）和maftools|TCGA肿 阅读全文

摘要： 本文首发于公众号：“生信补给站” Tidyverse| XX_join ：多个数据表（文件）之间的各种连接 前面分享了单个文件中的select列，filter行，列拆分等，实际中经常是多个数据表，综合使用才能回答你所感兴趣的问题。 本次简单的介绍多个表（文件）连接的方法。 一 载入数据，R包 lib 阅读全文

摘要： 本文首发于“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg 连锁不平衡图，用来可视化不同SNP之间的连锁程度，前同事间俗称“倒三角”图。 本文使用自己的数据，因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易，但是自己的数据就可能会有一些不 阅读全文

摘要： Tidyverse|数据列的分分合合，爱恨情仇 本文首发于“生信补给站”Tidyverse|数据列的分分合合，一分多，多合一 TCGA数据挖掘可做很多分析，前期数据“清洗”费时费力但很需要。 比如基因列为ID的需要转为常见的symbol，基因列为symbol|ID的就需要拆开了！ excel分列可以 阅读全文

摘要： 本文首发于“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/_rTWJHcbUu2Eqtex74gUBA 散点图绘制回归曲线很常用，那么添加上回归方程，P值，R2或者方差结果表等可以展示更量化的信息。 那加起来复杂吗？还真不一定！ 一 载入数据和R包 使用内置数据集 librar 阅读全文

摘要： 本文首发于"生信补给站"，https://mp.weixin.qq.com/s/aUdleBXDwUUpxGOONllyiA Q：多个数据集，列数不一致，列名也不一致，如何按行合并，然后保留全部文件的变量并集呢？ A：使用 rbind.fill 函数试试！ 数据集按列合并时，可以根据merge 或者 阅读全文

摘要： 首发于“生信补给站” ：https://mp.weixin.qq.com/s/LJfgxbTqsp8egnQxEI0nJg 生物医学或其他研究论文中的“表一”多为基线特征的描述性统计。使用R单独进行统计，汇总，然后结果复制到excel表中，耗时耗力且易错！ tableone包“应运而生”，可以非常简 阅读全文

摘要： 本文首发于“生信补给站”：https://mp.weixin.qq.com/s/lpkWwrLNtkLH8QA75X5STw 生存分析作为分析疾病/癌症预后的出镜频率超高的分析手段，而其结果展示的KM曲线也必须拥有姓名和颜值！ 生存分析相关推文： 生存分析和KM曲线：R|生存分析（1） 分析结果一键 阅读全文

摘要： 原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/ldO0rm3UM_rqlFnU3euYaA 2020年，开封 《R 数据科学》R for data science，系统学习R 数据处理。 在一个典型的数据科学项目中，需要的工具模型大体如下图所示。 R for Data Scienc 阅读全文