【后缀数组】

Posted on 2015-08-30 17:52  LLGemini  阅读(332)  评论(0编辑  收藏  举报

 

 1 #include<iostream>
 2 #include<cstdio>
 3 #include<cstring>
 4 using namespace std;
 5 const int maxn = 1002;
 6 int sa[maxn], rank[maxn], height[maxn];
 7 int wa[maxn], wb[maxn], wv[maxn], wd[maxn];
 8 int cmp(int *r, int a, int b, int l){
 9     return r[a] == r[b] && r[a+l] == r[b+l];
10 }
11 void da(int *r, int n, int m){          //  倍增算法 r为待匹配数组  n为总长度 m为字符范围
12     int i, j, p, *x = wa, *y = wb, *t;
13     for(i = 0; i < m; i ++) wd[i] = 0;
14     for(i = 0; i < n; i ++) wd[x[i]=r[i]] ++;
15     for(i = 1; i < m; i ++) wd[i] += wd[i-1];
16     for(i = n-1; i >= 0; i --) sa[-- wd[x[i]]] = i;
17     for(j = 1, p = 1; p < n; j *= 2, m = p){
18         for(p = 0, i = n-j; i < n; i ++) y[p ++] = i;
19         for(i = 0; i < n; i ++) if(sa[i] >= j) y[p ++] = sa[i] - j;
20         for(i = 0; i < n; i ++) wv[i] = x[y[i]];
21         for(i = 0; i < m; i ++) wd[i] = 0;
22         for(i = 0; i < n; i ++) wd[wv[i]] ++;
23         for(i = 1; i < m; i ++) wd[i] += wd[i-1];
24         for(i = n-1; i >= 0; i --) sa[-- wd[wv[i]]] = y[i];
25         for(t = x, x = y, y = t, p = 1, x[sa[0]] = 0, i = 1; i < n; i ++){
26             x[sa[i]] = cmp(y, sa[i-1], sa[i], j) ? p - 1: p ++;
27         }
28     }
29 }
30 void calheight(int *r, int n){           //  求height数组。
31     int i, j, k = 0;
32     for(i = 1; i <= n; i ++) rank[sa[i]] = i;
33     for(i = 0; i < n; height[rank[i ++]] = k){
34         for(k ? k -- : 0, j = sa[rank[i]-1]; r[i+k] == r[j+k]; k ++);
35     }
36 }
小清新版

 

  1 #include <iostream>
  2 #include <cstring>
  3 #include <cstddef>
  4 #include <cstdio>
  5 #include <string>
  6 #include <algorithm>
  7 
  8 const int maxn = 100001;
  9 int wa[maxn],wb[maxn],wv[maxn],ws[maxn];
 10 /*
 11 wa[]: 本意是保存各个后缀的rank值的,但是这里并没有去存储rank值,因为后续只是涉及wa[]的比较工作,
 12       因而这一步可以不用存储真实的rank值,能够反映相对的大小即可。
 13 wb[]: 存放的是按第二关键字排序的子串首字符下标
 14 wv[]: 存放每个子串的第一关键字
 15 ws[]: 存放每个rank值的数目
 16 */
 17 int cmp(int *rank, int a,int b,int l)
 18 {
 19     return rank[a]==rank[b] && rank[a+l]==rank[b+l];
 20 }
 21 /*
 22 比较函数,合并的子串相同则返回1,不同返回0;
 23 就像论文所说,由于末尾填了0,所以如果r[a]==r[b](实际是y[a]==y[b]),
 24 说明待合并的两个长为j的字符串,前面那个一定不包含末尾0,因而后面这个的起始位置至多在0的位置,不会再靠后了,因而不会产生数组越界。
 25 */
 26 
 27 /*
 28  *r: 数组(字符串)
 29 *sa: 后缀数组
 30   n: 字符串中字符的个数,注意这里的n里面是包括人为在字符串末尾添加的那个0的
 31   m: 字符串中字符的取值范围,是基数排序的一个参数,如果原序列都是字母可以直接取128,
 32      如果原序列本身都是整数的话,则m可以取比最大的整数大1的值。
 33 */
 34 void da(int *r,int *sa,int n,int m)
 35 {
 36     int i, k, p, *x=wa, *y=wb, *t;
 37     /*
 38       x[]里面本意是保存各个后缀的rank值的,但是这里并没有去存储rank值,因为后续只是涉及x[]的比较工作,
 39       因而这一步可以不用存储真实的rank值,能够反映相对的大小即可。
 40       y[]里存放的是按第二关键字排序的字符串下标
 41       *t 作交换指针
 42     */
 43 
 44 
 45     /*以下四行代码是把长度为1的子串进行基数排序*/
 46     /*如果不理解为什么这样可以达到基数排序的效果,建议自己实际用纸笔模拟一下*/
 47     for(i=0;i<m;i++) ws[i] = 0;
 48     for(i=0;i<n;i++) ws[x[i] = r[i]]++;
 49     for(i=1;i<m;i++) ws[i] += ws[i-1];
 50     for(i=n-1;i>=0;i--) sa[--ws[x[i]]] = i;
 51     /*ws[]数组对原字符串中各字符的数目进行统计
 52       第1行清零;
 53       第2行上面已经提到x[]保存的是后缀的相对rank值,x[i] = r[i]的意思是将x[i]初始化为各字符的值,字符的ASCII值也就可以代表长度为1的子串的相对顺序
 54       第3行的作用即求出最后一个子串i的rank是多少,供第4行使用
 55       第4行相当于从后向前得到各子串的sa[]数组,i之所以从n-1开始循环,是为了保证在当字符串中有相等的字符串时,默认靠前的字符串更小一些。*/
 56     for(int i = 0; i < n; i++)
 57     {
 58         printf("sa[%d]: %d\n", i, sa[i]);
 59     }
 60 
 61     /*下面这层循环中p代表rank值不同的字符串的数量,也可以这么理解,所有子串排序后,相等的子串rank值相同,则rank的范围是[1,p];
 62       如果p达到n,即各后缀的rank与sa已全部求出;因为长度不一,所以不可能出现相等的情况;
 63       k代表当前待合并的字符串的长度,每次将两个长度为k的字符串合并成一个长度为2k的字符串;
 64       m同样代表基数排序的元素的取值范围*/
 65     for(k=1, p=1; p<n; k*=2, m=p)
 66     {
 67         /*以下两行代码实现对第二关键字的排序*/
 68         /*所谓第二关键字即子串r[i+k, k]与r[j+k, k]的rank比较*/
 69         p=0; for(i=n-k;i<n;i++) y[p++]=i;
 70         /*结合论文的插图,我们可以看到位置在第n-k至n的元素的第二关键字都为0,因此如果按第二关键字排序,必然这些元素都是排在前面的(第二关键字为0即无法构成以r[i]为首字符的长度为2k的子串)。*/
 71         /*y[]里存放的是按第二关键字排序的子串首字符下标*/
 72         for(i=0;i<n;i++) if(sa[i]>=k) y[p++]=sa[i]-k;
 73         /*结合论文的插图,我们可以看到,下面一行的第二关键字不为0的部分都是根据上一次的排序结果得到的,
 74         且上一行中只有sa[i]>=k的第sa[i]个字符串
 75         (这里以及后面指的“第?个字符串”不是按字典序排名来的,是按照首字符在字符串中的位置来的)
 76         的rank才会作为下一行的第sa[i]-j个字符串的第二关键字,而且显然按sa[i]的顺序rank[sa[i]]是递增的,
 77         因此完成了对剩余的元素的第二关键字的排序。*/
 78 
 79         printf("k: %d\n", k);
 80         for(int i = 0; i < p; i++)
 81         {
 82             printf("y[%d] : %d\n", i, y[i]);
 83         }
 84 
 85         for(i=0;i<n;i++) wv[i]=x[y[i]];
 86         /*这里相当于提取出每个字符串的第一关键字(前面说过了x[]是保存rank值的,也就是字符串的第一关键字),放到wv[]里面是方便后面的使用*/
 87 
 88         /*以下四行代码是按第一关键字进行的基数排序*/
 89         /*
 90             wv[]: 存放每个子串的第一关键字,wv[i] = x的含义为按第二关键字第i小的子串的第一关键字的值
 91             ws[]: 存放每个rank值的数目
 92         */
 93         for(int i = 0; i < n; i++)
 94         {
 95             printf("x[y[%d]]: %d\n", i, x[y[i]]);
 96         }
 97         for(i=0;i<m;i++) ws[i]=0;
 98         for(i=0;i<n;i++) ws[wv[i]]++;
 99         for(i=1;i<m;i++) ws[i]+=ws[i-1];
100         for(i=n-1;i>=0;i--) sa[--ws[wv[i]]]=y[i];
101         /*此处巧妙地将第一关键字与第二关键字结合起来了,注意理解*/
102 
103         /*i之所以从n-1开始循环,含义同上,同时注意这里是y[i],因为y[i]里面才存着字符串的下标*/
104 
105         /*下面两行就是计算合并之后的rank值了,而合并之后的rank值应该存在x[]里面,但我们计算的时候又必须用到上一层的rank值,
106         也就是现在x[]里面放的东西,如果我既要从x[]里面拿,又要向x[]里面放,怎么办?
107         当然是先把x[]的东西放到另外一个数组里面,省得乱了。这里就是用交换指针的方式,高效实现了将x[]的东西“复制”到了y[]中。*/
108         t=x,x=y,y=t;
109         for(p=1,x[sa[0]]=0,i=1;i<n;i++)
110             x[sa[i]]=cmp(y,sa[i-1],sa[i],k)?p-1:p++;
111 
112         /*
113           这里就是用x[]存储计算出的各字符串rank的值了,记得我们前面说过,计算sa[]值的时候如果字符串相同是默认前面的更小的,
114           但这里计算rank的时候必须将相同的字符串看作有相同的rank,要不然p==n之后就不会再循环啦
115           p的值表示的是此时关键字不同的串的数量
116           cmp比较函数,合并的子串相同则返回1,不同返回0;
117           注意p和i的初始值需为1,因为循环中存在i-1和p-1,而x[sa[0]]的值也需初始化为0
118         */
119     }
120     return;
121 }
122 
123 //能够线性计算height[]的值的关键在于h[](height[rank[]])的性质,即h[i]>=h[i-1]-1,下面具体分析一下这个不等式的由来。
124 //论文里面证明的部分一开始看得我云里雾里,后来画了一下终于搞明白了,我们先把要证什么放在这:对于第i个后缀,设j=sa[rank[i] - 1],也就是说j是i的按排名来的上一个字符串,按定义来i和j的最长公共前缀就是height[rank[i]],我们现在就是想知道height[rank[i]]至少是多少,而我们要证明的就是至少是height[rank[i-1]]-1。
125 //好啦,现在开始证吧。
126 //首先我们不妨设第i-1个字符串(这里以及后面指的“第?个字符串”不是按字典序排名来的,是按照首字符在字符串中的位置来的)按字典序排名来的前面的那个字符串是第k个字符串,注意k不一定是i-2,因为第k个字符串是按字典序排名来的i-1前面那个,并不是指在原字符串中位置在i-1前面的那个第i-2个字符串。
127 //这时,依据height[]的定义,第k个字符串和第i-1个字符串的公共前缀自然是height[rank[i-1]],现在先讨论一下第k+1个字符串和第i个字符串的关系。
128 //第一种情况,第k个字符串和第i-1个字符串的首字符不同,那么第k+1个字符串的排名既可能在i的前面,也可能在i的后面,但没有关系,因为height[rank[i-1]]就是0了呀,那么无论height[rank[i]]是多少都会有height[rank[i]]>=height[rank[i-1]]-1,也就是h[i]>=h[i-1]-1。
129 //第二种情况,第k个字符串和第i-1个字符串的首字符相同,那么由于第k+1个字符串就是第k个字符串去掉首字符得到的,第i个字符串也是第i-1个字符串去掉首字符得到的,那么显然第k+1个字符串要排在第i个字符串前面,要么就产生矛盾了。同时,第k个字符串和第i-1个字符串的最长公共前缀是height[rank[i-1]],那么自然第k+1个字符串和第i个字符串的最长公共前缀就是height[rank[i-1]]-1。
130 //到此为止,第二种情况的证明还没有完,我们可以试想一下,对于比第i个字符串的字典序排名更靠前的那些字符串,谁和第i个字符串的相似度最高(这里说的相似度是指最长公共前缀的长度)?显然是排名紧邻第i个字符串的那个字符串了呀,即sa[rank[i]-1]。也就是说sa[rank[i]]和sa[rank[i]-1]的最长公共前缀至少是height[rank[i-1]]-1,那么就有height[rank[i]]>=height[rank[i-1]]-1,也即h[i]>=h[i-1]-1。
131 //证明完这些之后,下面的代码也就比较容易看懂了。
132 int rank[maxn],height[maxn];
133 void calheight(int *r,int *sa,int n)
134 {
135     int i,j,k=0;
136     for(i=1;i<=n;i++) rank[sa[i]]=i;  //计算每个字符串的字典序排名
137     for(i=0;i<n;height[rank[i++]]=k)  //将计算出来的height[rank[i]]的值,也就是k,赋给height[rank[i]]。i是由0循环到n-1,但实际上height[]计算的顺序是由height[rank[0]]计算到height[rank[n-1]]。
138     for(k?k--:0,j=sa[rank[i]-1];r[i+k]==r[j+k];k++);  //上一次的计算结果是k,首先判断一下如果k是0的话,那么k就不用动了,从首字符开始看第i个字符串和第j个字符串前面有多少是相同的,如果k不为0,按我们前面证明的,最长公共前缀的长度至少是k-1,于是从首字符后面k-1个字符开始检查起即可。
139     return;
140 }
141 
142 //最后再说明一点,就是关于da和calheight的调用问题,实际上在“小罗”写的源程序里面是如下调用的,这样我们也能清晰的看到da和calheight中的int n不是一个概念,同时height数组的值的有效范围是height[1]~height[n]其中height[1]=0,原因就是sa[0]实际上就是我们补的那个0,所以sa[1]和sa[0]的最长公共前缀自然是0。
143 int main()
144 {
145     int r[] = {1, 1, 2, 1, 1, 1, 1, 2}, sa[maxn];
146     int n = 8;
147     r[8] = 0;
148     da(r,sa,n+1,128);
149     calheight(r,sa,n);
150 }
【转】带注释版

 

具体解释看这里看这里~