2020年10月28日
VEP注释文件下载网址
摘要： Ensembl提供多个物种的注释文件： ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-96/variation/VEP 阅读全文
posted @ 2020-10-28 17:26 --看日出-- 阅读(358) 评论(0) 推荐(0) 编辑
linux下查看文件行数和列数
摘要： 查看行数： wc -l 文件名 查看列数： cat 文件名 | awk '{print NF}' 注意：默认是\t分割 但是可以使用-F参数指定分隔符，例如以 | 进行分割： cat 文件名 | awk -F "|" '{print NF}' 阅读全文
posted @ 2020-10-28 17:25 --看日出-- 阅读(15223) 评论(0) 推荐(0) 编辑
R语言画图常用参数
摘要： plot(x,xlab = "degree",ylab = "number of nodes",main = "mRNA degree distribute",lwd = 5,col = "darkred",xlim = c(1,21),bty = "n",ylim = c(0,200),lend 阅读全文
posted @ 2020-10-28 17:23 --看日出-- 阅读(505) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2020年5月10日
Circos软件学习
摘要： circos 是一款perl 语言开发的画图软件，提供了染色体相关数据的一种可视化方式。其制作的图表精美，被科研工作者广泛使用。Circos可以对染色体相关数据进行可视化，以每条染色体为一个扇区，组成一个圆形，如图1所示。也可以对其他表格形式的数据进行可视化，以每个样本作为扇区，以其上的特征作为图形 阅读全文
posted @ 2020-05-10 11:36 --看日出-- 阅读(1416) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2020年1月6日
一个R包—reticulate—在R中调用Python
摘要： R语言和python语言是生信行业经常使用的两个计算机语言，R语言具有统计和画图方面的优势，但是R语言在文件读写上的速度实在不敢恭维；Python具有较快的文件读写功能，但是其统计和画图却不如R语言用着方便。 今天介绍一个R包——“reticulate”，可以在R语言中直接调用Python，这样就可 阅读全文
posted @ 2020-01-06 12:22 --看日出-- 阅读(2436) 评论(0) 推荐(1) 编辑
2019年12月10日
ANOSIM分析
摘要： ANOSIM分析（analysis of similarities）即相似性分析，主要用于分析高维数据组间相似性，为数据间差异显著性评价提供依据。在一些高维数据分析中，需要使用PCA、PCoA、NMDS等方法进行降维，但这些方法并不显示组间差异的显著性指标，此时可以使用ANOSIM分析解决此问题。 阅读全文
posted @ 2019-12-10 15:12 --看日出-- 阅读(11866) 评论(1) 推荐(0) 编辑