2020年11月6日
echo输出
摘要： linux中不免经常使用echo进行输出，或输出到屏幕，或输出到文件。但是使用的时候会发现，在想要输出一些需要转义的字符时，例如\t等，它却原样不动的输出了。 使用man命令查看echo的帮助文档，会发现有一个-e参数，和对应的-E参数，它俩决定是按照转义进行输出还是按照原样进行输出。在echo输出 阅读全文
posted @ 2020-11-06 16:06 --看日出-- 阅读(455) 评论(0) 推荐(0) 编辑
linux输出文件名及全路径
摘要： 有时候需要输出一个文件夹下的文件名及所以绝对路径，在网上找到是这个命令 ls | sed "s:^:`pwd`/:" 看命令不难理解，先是ls列出所有文件名，再使用管道符进行后续操作。在管道符之后，是使用sed进行一个替换，^是指字符串开头的意思，`pwd`是指执行pwd的结果，即当前目录的绝对路径 阅读全文
posted @ 2020-11-06 15:24 --看日出-- 阅读(4265) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2020年11月2日
svtools简介
摘要： svtools - Comprehensive utilities to explore structural variations in genomes svtools不仅是一个工具，更因为它带有许多子命令而形成一套工具，旨在帮助生物信息工作者构建和探索群体水平的结构变异召回信息。它能够在成千上万 阅读全文
posted @ 2020-11-02 10:52 --看日出-- 阅读(1081) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2020年10月29日
单细胞测序学习（二）
摘要： 三、单细胞测序原理 今天主要介绍单细胞测序原理。10X Genomics和BD Rhapsody是目前单细胞测序的两大主流平台，所以今天的单细胞测序原理介绍也是基于这两个平台的。 （1）10X Genomics单细胞测序原理 上图是10X单细胞测序的原理图。首先要说明的是，单细胞测序和Bulk RN 阅读全文
posted @ 2020-10-29 09:19 --看日出-- 阅读(5120) 评论(0) 推荐(1) 编辑
单细胞测序学习（一）
摘要： 一、单细胞测序简介 单细胞测序技术（single cell sequencing）是指在单个细胞水平上，对基因组、转录组、表观组进行高通量测序分析的一项新技术，它能够弥补传统高通量测序的局限性，揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态，反映细胞间的异质性。 我们经常看到的scRNA-seq其实就是sin 阅读全文
posted @ 2020-10-29 09:13 --看日出-- 阅读(2057) 评论(0) 推荐(1) 编辑
Apgar score
摘要： Apgar score Apgar is a quick test performed on a baby at 1 and 5 minutes after birth. The 1-minute score determines how well the baby tolerated the bi 阅读全文
posted @ 2020-10-29 09:09 --看日出-- 阅读(203) 评论(0) 推荐(0) 编辑
linux下安装Perl
摘要： 下载Perl安装包 在CPAN（Perl语言安装模块的网址）搜索Perl，获得Perl的下载地址，以perl5为例 #在linux下使用wget直接下载Perl安装包 wget https://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.28.0.tar.gz #解压安装包 tar -x 阅读全文
posted @ 2020-10-29 09:04 --看日出-- 阅读(1525) 评论(0) 推荐(0) 编辑
linux下使用CPAN安装Perl模块
摘要： 首先从CPAN网站下载CPAN模块 此处使用wget命令直接在linux下下载： wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/A/AN/ANDK/CPAN-2.26.tar.gz 下载后解压 tar -zxvf CPAN-2.26.tar.gz 进入解压后文件 阅读全文
posted @ 2020-10-29 09:03 --看日出-- 阅读(1222) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2020年10月28日
snpEff安装
摘要： 下载安装包： wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_v3_6_core.zip 解压安装包： unzip snpEff_v3_6_core.zip 切换到解压后文件夹： cd snpEff_v3_6_core 使用java包 阅读全文
posted @ 2020-10-28 17:30 --看日出-- 阅读(490) 评论(0) 推荐(0) 编辑
linux下VEP的安装
摘要： VEP（Variant Effect Predictor）作为Ensembl官方推出的变异影响预测软件，被广泛使用，以下内容也来自Ensembl 软件包下载（ZIP格式）： curl -L-Ohttps://github.com/Ensembl/ensembl-vep/archive/release 阅读全文
posted @ 2020-10-28 17:29 --看日出-- 阅读(909) 评论(0) 推荐(0) 编辑