torque提交作业

　　PBS（Protable Batch System）是功能最为齐全，历史最悠久，支持最广泛的本地集群调度器之一。 PBS的目前包括openPBS，PBS Pro和Torque三个主要分支。其中OpenPBS是最早的PBS系统，目前已经没有太多后续开发，PBS pro是PBS的商业版本，功能最为丰富。Torque是Clustering公司接过了OpenPBS，并给与后续支持的一个开源版本。

几个常用命令：

　　1.qsub（提交作业）

　　例：

　　qsub -l mem=20g,vmem=20g -l nodes=fat03 -l nodes=1:ppn=1 -l walltime=144:00:0 -V -joe -q fat -d /data/nfs/fat/home/ test.sh

　　也可写成：（把所有-l的参数可以合并一起，以逗号分隔）

　　qsub -l mem=20g,vmem=20g,nodes=fat03,nodes=1:ppn=1,walltime=144:00:0 -V -joe -q fat -d /data/nfs/fat/home test.sh

　　

　　qsub常用参数

　　-l 指定作业所需要的资源，设定对可消耗资源的限制。如果不设置，则无限制。

　　-l mem=220g,vmem=220g（根据文件大小、文件处理方式、计算复杂情况自行估计）

　　mem 任务的所有进程能够分配到的最大物理内存数；

　　vmem任务的所有进程能够使用的最大虚拟内存数；

　　-l nodes=fat03

　　指定节点名字

　　-l nodes=1:ppn=10（有时软件内部会有设置线程的参数，实际运行时，两者取最小）

　　指定使用节点数及线程数

　　-l walltime=144:00:0

　　指定运行最长时间，walltime指钟表时间（作业的实际运行时间=walltime/线程数）

　　-V -joe -q fat -d

　　-V 表明qsub命令的所有环境变量都export到此作业

　　作用: 以脚本文件的形式向批处理服务器提交作业

　　-joe错误日志和运行日志输出到同一个文件下

　　-q指定作业的目的地(结点池)，此处指定为fat节点

　　-d 路径，作业输出文件产生路径（每一个作业都会产生一个 文件名.o作业号，该文件出现在-d指定的路径中）

　　2.qstat（查看作业状态，作业结束一段时间后查看不到）

　　查看作业状态：R运行、Q排队、C终止（可能是结束、也可能是出错中断）

　　提交作业会在指定目录下产生.oXXXX文件（例如test.sh.o106972），文件内包含程序运行的输出信息，及错误信息，可根据文件内容判断作业是否是正常结束

　　

　　3.qdel（kill作业）

　　kill已提交作业

　　qdel 作业号

　　qdel 106970

　　4.tracejob（查看作业情况，作业结束之后仍能查看）

　　tracejob –n 查找天数 job_id

　　tracejob –n 10 106972（查找10天内的记录，寻找106972的作业信息）

　　tracejob 106972不加时间参数，查找当天作业

　　在返回结果中会显示提交任务的设置信息，及程序运行时的内存和时间实际使用信息

　　

　　5.qnodes（查看节点状态）

　　qnodes | less查看节点状态

　　根据节点可用情况指定作业提交节点

　　

　　qnodes | grep job_id

　　提交作业未指定节点时，可以使用qnodes结合grep job_id方式查看作业分配的节点