一个R包—reticulate—在R中调用Python

　　R语言和python语言是生信行业经常使用的两个计算机语言，R语言具有统计和画图方面的优势，但是R语言在文件读写上的速度实在不敢恭维；Python具有较快的文件读写功能，但是其统计和画图却不如R语言用着方便。

　　今天介绍一个R包——“reticulate”，可以在R语言中直接调用Python，这样就可以把Python读写的优势和R语言统计画图的优势结合起来了。

　　首先安装R包，对于R包的安装，可以以下两种方式，一个是R自带的install.packages()，一个是基于BiocManager包的BiocManager::install()，推荐使用BiocManager::install()，这种方法可以安装的包更多一些，较为方便。

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1	BiocManager::install("reticulate")

　　reticulate包实现在R中直接调用Python命令，并且可以直接使用Python命令产生的变量。

　　reticulate包提供repl_python()和exit命令，实现进入Python代码块和退出Python代码块，在repl_python()和exit之间的代码为Python代码，其他代码为R代码。

示例：

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repl_python() ###进入python代码快 fileIN = open("E:/a.txt") a = [] for i in fileIN: 　　a.append(i) fileIN.close() exit ###退出代码块

　　以上Python代码读取了一个叫a.txt的文件，并把每行内容存进列表里（Python里的列表相当于R里的向量）。

　　接下来展示退出Python代码块后如何使用在Python里的变量。

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aArr <- py$a for(i in aArr){ print(i) }

  　　使用py$a就把Python代码块里的变量赋值给了R里的变量。

　　如果想要反向使用，即想在Python代码块里使用R的变量，怎么用呢？以下是示例：

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a <- py$a print(length(a))   repl_python() b = r.a ###使用r.a就把R里的变量a赋值给了Python代码块里的变量b print(len(b)) exit

 　　这样，利用reticulate包我们就可以把Python和R结合起来使用了。