随笔分类 - linux
linux进入横线 "-" 开头的文件夹
摘要：在linux进行文件操作时，会遇到一类文件是以"-"开头的。 例如我们想要进入名称为-126943579的文件时，我们无法直接使用cd -126943579命令来进入该文件。 那我们应该怎样来操作这一类的文件呢？其实只要加一个相对路径就行了，也就是在文件名加一个"./"就行了。 同样是这个例子，如此
torque提交作业
摘要：PBS（Protable Batch System）是功能最为齐全，历史最悠久，支持最广泛的本地集群调度器之一。 PBS的目前包括openPBS，PBS Pro和Torque三个主要分支。其中OpenPBS是最早的PBS系统，目前已经没有太多后续开发，PBS pro是PBS的商业版本，功能最为丰富。
ls小技巧
摘要：一、ls -rt ls的功能是列出指定路径下的所有文件，但是有时候文件太多，不方便查找哪些是新生成的文件时，可以使用ls -t或ls -rt命令。 ls -t ls -rt 那是什么意思呢？这里-t就是按照时间顺序排列的意思，这个时候最后生成的文件就会出现在列表的上边，原来的文件在下边，即按照生成时
echo输出
摘要：linux中不免经常使用echo进行输出，或输出到屏幕，或输出到文件。但是使用的时候会发现，在想要输出一些需要转义的字符时，例如\t等，它却原样不动的输出了。 使用man命令查看echo的帮助文档，会发现有一个-e参数，和对应的-E参数，它俩决定是按照转义进行输出还是按照原样进行输出。在echo输出
linux输出文件名及全路径
摘要：有时候需要输出一个文件夹下的文件名及所以绝对路径，在网上找到是这个命令 ls | sed "s:^:`pwd`/:" 看命令不难理解，先是ls列出所有文件名，再使用管道符进行后续操作。在管道符之后，是使用sed进行一个替换，^是指字符串开头的意思，`pwd`是指执行pwd的结果，即当前目录的绝对路径
linux下安装Perl
摘要：下载Perl安装包 在CPAN（Perl语言安装模块的网址）搜索Perl，获得Perl的下载地址，以perl5为例 #在linux下使用wget直接下载Perl安装包 wget https://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.28.0.tar.gz #解压安装包 tar -x
linux下使用CPAN安装Perl模块
摘要：首先从CPAN网站下载CPAN模块 此处使用wget命令直接在linux下下载： wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/A/AN/ANDK/CPAN-2.26.tar.gz 下载后解压 tar -zxvf CPAN-2.26.tar.gz 进入解压后文件
snpEff安装
摘要：下载安装包： wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_v3_6_core.zip 解压安装包： unzip snpEff_v3_6_core.zip 切换到解压后文件夹： cd snpEff_v3_6_core 使用java包
linux下VEP的安装
摘要：VEP（Variant Effect Predictor）作为Ensembl官方推出的变异影响预测软件，被广泛使用，以下内容也来自Ensembl 软件包下载（ZIP格式）： curl -L-Ohttps://github.com/Ensembl/ensembl-vep/archive/release
linux下查看文件行数和列数
摘要：查看行数： wc -l 文件名 查看列数： cat 文件名 | awk '{print NF}' 注意：默认是\t分割 但是可以使用-F参数指定分隔符，例如以 | 进行分割： cat 文件名 | awk -F "|" '{print NF}'
