随笔分类 - 生物信息
论文解读 神经退行性疾病与表观遗传衰老和人类寿命的因果关系和共同遗传病因
摘要：同学们，大家好！今天给大家介绍一篇研究性论文，神经退行性疾病与表观遗传衰老和人类寿命的因果关系和共同遗传病因，这是一篇研究共病遗传机制的文献，想了解这方面的同学们可以重点关注一下。这篇文章是2024年1月份发表在Aging Cell（IF：８.４，中科院分区：医学1区-老年医学）上的，下面我们详细看
blast只保留一个最优结果
摘要：使用blast比对时，只保留一个最优结果 代码： blastn -db nt.blast.db -query seq.fa -out blast.nt.result -evalue 1e-5 -outfmt 6 -num_threads 30 -max_hsps 1 -num_alignments
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因
摘要：使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因，这里使用Y书的clusterProfiler包。 这里以人类为例查询所有通路及通路内的基因： library(R.utils) R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto") hsa
SHAPEIT算法简介
摘要：本文是基于SHAPIT2和SHAPEIT4的，先介绍SHAPEIT2的算法原理，然后简单介绍了一下SHAPEIT4更新的部分。文中介绍主要集中在算法部分，比较简介，具体内容请看参考文献。 [SHAPEIT2的参考文献为：a linear complexity phasing method for t
svtools prune具体算法
摘要：svtools具有不同的子命令以实现不同的功能，其中一个就是lmerge。根据其help信息(cluster and prune a BEDPE file by position based on allele frequency)可以看出，它是对BEDPE文件内的变异进行聚类和修剪的。 zcat
svtools lmerge具体算法
摘要：svtools具有不同的子命令以实现不同的功能，其中一个就是lmerge。根据其帮助文档(merge LUMPY calls inside a single file from svtools lsort)可以看出，它是在lsort之后对一个vcf文件内的变异进行合并的，但只是知道它的功能而不知道它
svtools简介
摘要：svtools - Comprehensive utilities to explore structural variations in genomes svtools不仅是一个工具，更因为它带有许多子命令而形成一套工具，旨在帮助生物信息工作者构建和探索群体水平的结构变异召回信息。它能够在成千上万
单细胞测序学习（二）
摘要：三、单细胞测序原理 今天主要介绍单细胞测序原理。10X Genomics和BD Rhapsody是目前单细胞测序的两大主流平台，所以今天的单细胞测序原理介绍也是基于这两个平台的。 （1）10X Genomics单细胞测序原理 上图是10X单细胞测序的原理图。首先要说明的是，单细胞测序和Bulk RN
单细胞测序学习（一）
摘要：一、单细胞测序简介 单细胞测序技术（single cell sequencing）是指在单个细胞水平上，对基因组、转录组、表观组进行高通量测序分析的一项新技术，它能够弥补传统高通量测序的局限性，揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态，反映细胞间的异质性。 我们经常看到的scRNA-seq其实就是sin
Apgar score
摘要：Apgar score Apgar is a quick test performed on a baby at 1 and 5 minutes after birth. The 1-minute score determines how well the baby tolerated the bi
Circos软件学习
摘要：circos 是一款perl 语言开发的画图软件，提供了染色体相关数据的一种可视化方式。其制作的图表精美，被科研工作者广泛使用。Circos可以对染色体相关数据进行可视化，以每条染色体为一个扇区，组成一个圆形，如图1所示。也可以对其他表格形式的数据进行可视化，以每个样本作为扇区，以其上的特征作为图形
ANOSIM分析
摘要：ANOSIM分析（analysis of similarities）即相似性分析，主要用于分析高维数据组间相似性，为数据间差异显著性评价提供依据。在一些高维数据分析中，需要使用PCA、PCoA、NMDS等方法进行降维，但这些方法并不显示组间差异的显著性指标，此时可以使用ANOSIM分析解决此问题。
