无忧书房

摘要： 做个R语言绘图笔记，方便以后查看。 火山图： library(ggplot2) p1 <- ggplot(res, aes(x =log2FoldChange, y=-log10(pvalue), colour=sig)) + geom_point(size=2, shape = 16) + # 设 阅读全文

摘要： 同学们，大家好！今天给大家介绍一篇研究性论文，神经退行性疾病与表观遗传衰老和人类寿命的因果关系和共同遗传病因，这是一篇研究共病遗传机制的文献，想了解这方面的同学们可以重点关注一下。这篇文章是2024年1月份发表在Aging Cell（IF：８.４，中科院分区：医学1区-老年医学）上的，下面我们详细看 阅读全文

摘要： 同学们，大家好，今天继续更新R语言系列。今天我们开始讲R语言的集成开发环境（IDE）—Rstudio，这里会对Rstudio及其安装进行介绍，感兴趣的同学可以重点关注一下。 Rstudio简介 Rstudio是R语言一个常用的集成开发环境（IDE），包括控制台、语法高亮显示的编辑器，支持直接代码执行 阅读全文

摘要： 同学们，大家好，今天开始开设一个新系列，R语言系列，对生信分析中涉及到的R语言代码及R语言绘图进行详细讲解，感兴趣的同学可以重点关注一下。 什么是R语言？ R语言是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R语言是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。 阅读全文

摘要： 同学们，大家好！今天给大家介绍一篇综述，调节铁凋亡的分子生态系统研究进展，想了解铁死亡及其分子机制的同学们可以重点关注一下。这篇文章是2024年9月份发表于NATURE CELL BIoLogy（IF：17.3，中科院分区：生物学-细胞生物学 1区），下面我们详细看看。 在该综述中，作者分以下几个方 阅读全文

摘要： 同学们，大家好！今天给大家介绍一篇研究性论文，原苏木素A通过靶向ACSL4/FTH1轴依赖性铁凋亡保护阿霉素诱导的心肌损伤和心功能障碍，想了解这方面的同学们可以重点关注一下。这篇文章是2024年7月份发表在Advanced Science（IF：14.3，中科院分区：材料科学1区）上的，下面我们详细 阅读全文

摘要： 在科研工作中，经常会遇到需要在地图上展示数据的情况，今天分享一下如何使用R语言可视化地图数据 # 先安装和导入R包，这里使用了本地地图数据，所以只导入maps包即可 # install.packages("maps") library(maps) # 设置文件路径及导入数据，导入的china.rda 阅读全文

摘要： 使用blast比对时，只保留一个最优结果 代码： blastn -db nt.blast.db -query seq.fa -out blast.nt.result -evalue 1e-5 -outfmt 6 -num_threads 30 -max_hsps 1 -num_alignments 阅读全文

摘要： docker和主机之间文件传输 1、从docker内部向主机传输文件 语法： docker cp [OPTIONS] CONTAINER:SRC_PATH DEST_PATH|- 示例：将容器96f7f14e99ab的/www目录拷贝到主机的/tmp目录中 docker cp 96f7f14e99a 阅读全文

摘要： 使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因，这里使用Y书的clusterProfiler包。 这里以人类为例查询所有通路及通路内的基因： library(R.utils) R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto") hsa 阅读全文