摘要：
在科研工作中，经常会遇到需要在地图上展示数据的情况，今天分享一下如何使用R语言可视化地图数据 # 先安装和导入R包，这里使用了本地地图数据，所以只导入maps包即可 # install.packages("maps") library(maps) # 设置文件路径及导入数据，导入的china.rda 阅读全文
摘要：
使用blast比对时，只保留一个最优结果 代码： blastn -db nt.blast.db -query seq.fa -out blast.nt.result -evalue 1e-5 -outfmt 6 -num_threads 30 -max_hsps 1 -num_alignments 阅读全文
摘要：
docker和主机之间文件传输 1、从docker内部向主机传输文件 语法： docker cp [OPTIONS] CONTAINER:SRC_PATH DEST_PATH|- 示例：将容器96f7f14e99ab的/www目录拷贝到主机的/tmp目录中 docker cp 96f7f14e99a 阅读全文
摘要：
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因，这里使用Y书的clusterProfiler包。 这里以人类为例查询所有通路及通路内的基因： library(R.utils) R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto") hsa 阅读全文
摘要：
本文是基于SHAPIT2和SHAPEIT4的，先介绍SHAPEIT2的算法原理，然后简单介绍了一下SHAPEIT4更新的部分。文中介绍主要集中在算法部分，比较简介，具体内容请看参考文献。 [SHAPEIT2的参考文献为：a linear complexity phasing method for t 阅读全文
摘要：
在linux进行文件操作时，会遇到一类文件是以"-"开头的。 例如我们想要进入名称为-126943579的文件时，我们无法直接使用cd -126943579命令来进入该文件。 那我们应该怎样来操作这一类的文件呢？其实只要加一个相对路径就行了，也就是在文件名加一个"./"就行了。 同样是这个例子，如此 阅读全文
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svtools具有不同的子命令以实现不同的功能，其中一个就是lmerge。根据其help信息(cluster and prune a BEDPE file by position based on allele frequency)可以看出，它是对BEDPE文件内的变异进行聚类和修剪的。 zcat 阅读全文
摘要：
svtools具有不同的子命令以实现不同的功能，其中一个就是lmerge。根据其帮助文档(merge LUMPY calls inside a single file from svtools lsort)可以看出，它是在lsort之后对一个vcf文件内的变异进行合并的，但只是知道它的功能而不知道它 阅读全文
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PBS（Protable Batch System）是功能最为齐全，历史最悠久，支持最广泛的本地集群调度器之一。 PBS的目前包括openPBS，PBS Pro和Torque三个主要分支。其中OpenPBS是最早的PBS系统，目前已经没有太多后续开发，PBS pro是PBS的商业版本，功能最为丰富。 阅读全文
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一、ls -rt ls的功能是列出指定路径下的所有文件，但是有时候文件太多，不方便查找哪些是新生成的文件时，可以使用ls -t或ls -rt命令。 ls -t ls -rt 那是什么意思呢？这里-t就是按照时间顺序排列的意思，这个时候最后生成的文件就会出现在列表的上边，原来的文件在下边，即按照生成时 阅读全文