openmpi-3.0.1超线程报错问题

先简单记录一下，虽然还有一些疑惑没有解决。

之前安装openmpi是用的命令安装，版本比较低，mfix并行总出现死锁问题，于是想看看是不是openmpi版本导致，虽然目前还未找到具体原因，但是先记录下踩到的坑。

下载openmpi最新版本：https://www.open-mpi.org/software/ompi/v3.0/

安装openmpi具体方法参见：http://www.cnblogs.com/platero/p/4182436.html

安装主要是这几个命令：

./configure --prefix="/usr/local/openmpi"
make
sudo make install

然后~/.bashrc中添加：

export PATH=$PATH:/usr/local/openmpi/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/openmpi/lib/

最后执行命令：

sudo ldconfig
source ~/.bashrc

安装好以后并行运行mfix：

mpirun -np 8 ./mfixsolver -f clc.mfx

结果报错：

There are not enough slots available in the system to satisfy the 8 slots 

Either request fewer slots for your application, or make more slots available for use.

电脑是6核12线程，之前没有出现这种问题。如果用低于6线程运行就没有问题，查了下，发现可以用--oversubscribe参数申请超线程，因此把命令写成：

mpirun --oversubscribe -np 8 ./mfixsolver -f clc.mfx

 

就可以了。具体参见：https://stackoverflow.com/questions/35704637/mpirun-not-enough-slots-available

 

但是问题就来了：

6核12线程对于mpi来说，可用线程到底是6线程还是12线程。低版本openmpi则没有这个问题。而且开启--oversubscribe参数后就开始频繁出现段错误，显然不是很好的选择。

暂时存疑。

 

还有就是，在ubuntu16.04上并行出现死锁问题的case，在ubuntu14.04上却一切正常，真的是无语~~

死锁问题具体参见：http://www.cnblogs.com/Jay-CFD/p/8849336.html