1.0 Moose简介及使用mamba安装Moose

Moose驼鹿

1.简介

MOOSE是美国爱达荷国家实验室主导开发的一个开源多物理面向对象有限元模拟工具。它提供了高级接口，让用户能够更为简易地使用成熟的非线性求解器。其特性包括但不限于:

  • 全耦合，全隐式多物理求解器
  • 多维度物理模拟
  • 自动并行化
  • 模块式开发以提高代码复用率
  • 内置适应性网格划分
  • 同时支持连续与非连续地Galerkin
  • 灵活的图形用户界面

同时MOOSE拥有非常健全的物理模块，包括: 热传导、地球化学、纳维尔-斯托克斯(流体领域)、固体力学、表面接触、多孔流、相场等。让用户能够进行各类的研究。

该平台简化了无数模型系统的仿真创建

建模和仿真现已成为几乎所有科学分支的标准做法。传统上，构建有用的仿真功能是一项艰巨的任务，因为它需要一个软件开发人员团队与科学家合作多年来描述给定的现象。
 
爱达荷国家实验室的MOOSE（多物理场面向对象仿真环境）现在使众多科学家更容易获得建模和仿真。MOOSE 使仿真工具的开发时间仅为以前所需时间的一小部分。该工具彻底改变了预测建模，特别是在核工程领域 - 使核燃料和材料科学家能够开发许多应用程序，预测燃料和材料在操作和事故条件下的行为。
 
对计算机科学没有深入了解的科学家现在可以开发一个应用程序，他们可以“即插即用”到MOOSE仿真平台中。从本质上讲，MOOSE解决了模型所体现的数学方程。
这样的工具意味着寻求新仿真能力的科学家不需要招募一个精通并行代码开发的计算专家团队。研究人员可以将精力集中在他们所在领域的数学模型上，而MOOSE则负责其余的工作。这种简单性孕育了一系列建模应用程序，这些应用程序描述了多尺度核燃料（BISON，Marmot），反应堆物理学（猛犸象，响尾蛇），地质学（FALCON），地球化学（RAT），核电站系统/安全分析（RELAP-7）和反应堆工程（Pronghorn叉角羚）中的现象。

2.安装

 Moose官方推荐使用两种方式安装：1.通过conda安装；2.通过Docker安装。下面将分别记录两种安装过程。

注：官方目前对windows支持较差，以下仅包括linux和MAC中的安装方法。

2.1通过conda安装

安装 Mambaforge3

根据您的平台按照以下步骤安装mambaforge。如果您在这些步骤中遇到问题，请访问我们的 Conda 故障排除指南。本安装指南依赖于 Conda 的优化包管理器的利用。mamba

  • Linux 用户：

    curl -L -O https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-Linux-x86_64.sh
bash Mambaforge-Linux-x86_64.sh -b -p ~/mambaforge3

 　　使用清华源：

curl -L -O https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/github-release/conda-forge/miniforge/LatestRelease/Mambaforge-Linux-x86_64.sh
bash Mambaforge-Linux-x86_64.sh -b -p ~/mambaforge3

     北京外国语大学开源软件镜像站    

https://mirrors.bfsu.edu.cn/github-release/conda-forge/miniforge/LatestRelease/Mambaforge-Linux-x86_64.sh

  • 配备英特尔处理器的 Macintosh 用户：

    curl -L -O https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-MacOSX-x86_64.sh
bash Mambaforge-MacOSX-x86_64.sh -b -p ~/mambaforge3

     

  • Macintosh 配备 Apple Silicon 处理器的用户：

    curl -L -O https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-MacOSX-arm64.sh
bash Mambaforge-MacOSX-arm64.sh -b -p ~/mambaforge3

将 Mambaforge 安装到您的主目录后，导出 PATH，以便可以使用它：

export PATH=$HOME/mambaforge3/bin:$PATH

配置 Conda 以使用我们的 INL 公共频道：

conda config --add channels https://conda.software.inl.gov/public
警告：sudo conda

如果你发现自己在使用 /...有些事情不对劲。需要 sudo 的最常见原因是由于 Conda 安装不当。Conda 应安装到您的主目录中，而不使用 。

 

安装 MOOSE Conda 软件包

在创建虚拟 conda 环境之前，我们首先需要初始化 mamba。为此，请执行以下命令并重新启动终端会话。

mamba init

接下来，为 moose 创建一个唯一的 conda 环境，命名为 ，并安装 moose 依赖项包：moose

mamba create -n moose moose-tools moose-libmesh

安装完成后，激活新环境：

mamba activate moose

如果您遇到错误，请参阅我们的 Conda 故障排除指南。

评论注意

要知道，对于您打开的每个终端窗口，您将需要再次执行此操作。如果您希望自动执行此操作，则可以将该命令添加到 shell 配置文件的末尾。mamba activate moose

克隆MOOSE

MOOSE托管在GitHub上，应该使用git直接从那里克隆。我们建议创建一个名为 projects 的目录，以放置所有与 MOOSE 相关的工作。

要安装 MOOSE，请在终端中运行以下命令。

mkdir ~/projects
cd ~/projects
git clone https://github.com/idaholab/moose.git
cd moose
git checkout master

MOOSE 的主分支是稳定的分支，只有在所有测试通过后才会更新。这可以保护您免受 MOOSE 存储库中日常更改的影响。

编译和测试MOOSE

cd ~/projects/moose/test
make -j 4
./run_tests -j 4

如果安装成功，您应该会看到大多数测试通过（根据您的系统环境，某些测试将被跳过）。

返回“安装 MOOSE”页面，继续浏览 MOOSE。

卸载MOOSE Conda环境

如果您希望随时删除MOOSE环境，可以使用以下命令执行此操作：

conda deactivate   # if 'moose' was currently activated
conda env remove -n moose

 

posted @ 2023-12-24 22:41  Jankin-Wen  阅读(1023)  评论(1)  编辑  收藏  举报