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题目 The biomarkers of key miRNAs and target genes associated with acute myocardial infarction View Code 与急性心肌梗死相关的关键miRNAs和靶基因的生物标志物 Submitted：2019.12. 阅读全文
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为什么生信分析会这么火？ 最重要的原因是便宜、性价比高 一方面，各种公开的免费生信数据库和生信可视化分析工具越来越多，即使没有课题经费，按差异表达、聚类分析、交互网络、临床意义四步走做一套生信分析，也能无中生有发一套生信文章。 另一方面，随着高通量测序成本的不断下降，有越来越多的医生或者研究人员也慢 阅读全文
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生存分析：将事件的结果（终点事件）和出现这一结果所经历的时间结合起来的一种统计分析方法。 生存分析的目的：1.生存率比较：估计处理组和对照组n年的生存率和中位生存期。2.生存曲线比较：比较处理组和对照组的生存率是否有差别。3.影响因素分析：分析变量与生存结局/事件的关系。4.生存预测：根据变量预测患 阅读全文
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有的时候我们会发现，单因素cox回归某个基因对生存有意义，当以中位值绘制生存曲线的时候，却变得没意义了。 这是因为中位值并不是这个基因最合适的截断值，因此，我们需要选择最合适的截断值。 选择截断值的软件目前比较火比较方便的便是X-tile软件。 X-tile 软件 X-tile软件长这样： 如果把x 阅读全文
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我们用横轴表达研究的时间轴，随着研究的开始，患者开始纳入研究： 随着时间的推移，越来越多的患者加入到研究中： 继续我们的观察，开始有患者出现了我们所期待的终点事件，像这样获得了终点事件的观察数据我们称其为完全数据： 当然，也有患者在没有出现所期待的终点事件的情况下离开研究（比如失访的患者）。此类未能 阅读全文
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生存分析只需要tumor数据，不要normal，将其去掉，新表达矩阵数据命名为exprSet；clinical信息需要进一步整理，成为生存分析需要的格式，新临床信息数据命名为meta。由于不同癌症的临床信息表格组织形式不同，这里的代码需要根据实际情况修改。 rm(list = ls()) optio 阅读全文
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RNA高通量测序（RNA-sequencing，缩写为RNA-seq）是目前高通量测序技术中被用得最广的一种技术。 RNA-seq可以帮助我们了解：各种比较条件下，所有基因的表达情况的差异。 RNA-seq可以检测的差异有：正常组织和肿瘤组织的之间的差异，药物治疗前后基因表达的差异，发育过程中不同的 阅读全文
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芯片和高通量测序（HTS）： 对于基因芯片的差异表达分析而言，由于普遍认为其数据是服从正态分布，因此差异表达分析无非就是用t检验和或者方差分析应用到每一个基因上。目前在基因芯片的分析用的最多的就是limma。 高通量一次性找的基因多，于是就需要对多重试验进行矫正，控制假阳性。高通量测序(HTS)的r 阅读全文
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1. 散点图和箱线图的差别： 箱线图就是散点图把横坐标弱化的结果。弱化个体的概念，强化群体的概念，把同一个分组放到一起，就形成了箱线图。 箱线图的输入数据是一个数值型向量和一个字符串向量（重复值） 2. 箱线图： 3. 箱线图的作用： 单个基因在两组之间的表达量差异。如果是多个基因，则需要量化指标： 阅读全文
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1. KEGG富集分析简介 1. KEGG富集分析的作用 在生物信息学分析过程中，KEGG通路富集分析常常应用于差异表达基因的功能注释，了解差异表达基因的相关功能与作用通路。 2. KEGG气泡图的解读 例如上图显示的是KEGG点状图，横轴GeneRatio表示对应pathway差异基因数/能够对应 阅读全文