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题目 The biomarkers of key miRNAs and target genes associated with acute myocardial infarction View Code 与急性心肌梗死相关的关键miRNAs和靶基因的生物标志物 Submitted：2019.12. 阅读全文
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为什么生信分析会这么火？ 最重要的原因是便宜、性价比高 一方面，各种公开的免费生信数据库和生信可视化分析工具越来越多，即使没有课题经费，按差异表达、聚类分析、交互网络、临床意义四步走做一套生信分析，也能无中生有发一套生信文章。 另一方面，随着高通量测序成本的不断下降，有越来越多的医生或者研究人员也慢 阅读全文
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生存分析：将事件的结果（终点事件）和出现这一结果所经历的时间结合起来的一种统计分析方法。 生存分析的目的：1.生存率比较：估计处理组和对照组n年的生存率和中位生存期。2.生存曲线比较：比较处理组和对照组的生存率是否有差别。3.影响因素分析：分析变量与生存结局/事件的关系。4.生存预测：根据变量预测患 阅读全文
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有的时候我们会发现，单因素cox回归某个基因对生存有意义，当以中位值绘制生存曲线的时候，却变得没意义了。 这是因为中位值并不是这个基因最合适的截断值，因此，我们需要选择最合适的截断值。 选择截断值的软件目前比较火比较方便的便是X-tile软件。 X-tile 软件 X-tile软件长这样： 如果把x 阅读全文
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我们用横轴表达研究的时间轴，随着研究的开始，患者开始纳入研究： 随着时间的推移，越来越多的患者加入到研究中： 继续我们的观察，开始有患者出现了我们所期待的终点事件，像这样获得了终点事件的观察数据我们称其为完全数据： 当然，也有患者在没有出现所期待的终点事件的情况下离开研究（比如失访的患者）。此类未能 阅读全文
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生存分析只需要tumor数据，不要normal，将其去掉，新表达矩阵数据命名为exprSet；clinical信息需要进一步整理，成为生存分析需要的格式，新临床信息数据命名为meta。由于不同癌症的临床信息表格组织形式不同，这里的代码需要根据实际情况修改。 rm(list = ls()) optio 阅读全文
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RNA高通量测序（RNA-sequencing，缩写为RNA-seq）是目前高通量测序技术中被用得最广的一种技术。 RNA-seq可以帮助我们了解：各种比较条件下，所有基因的表达情况的差异。 RNA-seq可以检测的差异有：正常组织和肿瘤组织的之间的差异，药物治疗前后基因表达的差异，发育过程中不同的 阅读全文
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芯片和高通量测序（HTS）： 对于基因芯片的差异表达分析而言，由于普遍认为其数据是服从正态分布，因此差异表达分析无非就是用t检验和或者方差分析应用到每一个基因上。目前在基因芯片的分析用的最多的就是limma。 高通量一次性找的基因多，于是就需要对多重试验进行矫正，控制假阳性。高通量测序(HTS)的r 阅读全文
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1. 什么是GSEA？ Gene Set Enrichment Analysis (GSEA，基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。 2. 有GO/KEGG富集分析了，为什么还要做GSEA？ GO/KEGG富集分析是先筛选差 阅读全文
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1. KEGG富集分析简介 1. KEGG富集分析的作用 在生物信息学分析过程中，KEGG通路富集分析常常应用于差异表达基因的功能注释，了解差异表达基因的相关功能与作用通路。 2. KEGG气泡图的解读 例如上图显示的是KEGG点状图，横轴GeneRatio表示对应pathway差异基因数/能够对应 阅读全文