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02 2023 档案

摘要:题目 Colon-Targeted eNAMPT-Specific Peptide Systems for Treatment of DSS-Induced Acute and Chronic Colitis in Mouse 结肠靶向eNAMPT特异性肽系统用于治疗DSS诱导的小鼠急性和慢性结肠炎 阅读全文
posted @ 2023-02-26 23:40 小高不高 阅读(429) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:glmnet:Lasso and Elastic-Net Regularized Generalized Linear Models ,套索和弹性网络正则化广义线性模型 正则化技术 正则化是一种常用的技术,用于解决过拟合问题。在机器学习中,当模型的复杂度较高时,容易出现过拟合的情况,即模型在训练数据 阅读全文
posted @ 2023-02-23 20:46 小高不高 阅读(1792) 评论(1) 推荐(2) 编辑

摘要:正则化、R包glmnet包:https://www.cnblogs.com/xiaogaobugao/p/17149331.html LASSO回归 什么是Lasso回归 Tibshirani(1996) 引入了 LASSO (Least Absolute Shrinkage and Selecti 阅读全文
posted @ 2023-02-23 20:42 小高不高 阅读(2538) 评论(2) 推荐(0) 编辑

摘要:这是一篇非肿瘤零代码数据挖掘,2020年最新发表的文章,这篇文章发表在Frontiers in Endocrinology ,2021年IF为6.055,较去年上升0.5分。 题目:Bioinformatic Analysis Identifies Potential Key Genes in th 阅读全文
posted @ 2023-02-17 00:38 小高不高 阅读(371) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:题目 The biomarkers of key miRNAs and target genes associated with acute myocardial infarction View Code 与急性心肌梗死相关的关键miRNAs和靶基因的生物标志物 Submitted:2019.12. 阅读全文
posted @ 2023-02-17 00:20 小高不高 阅读(710) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:为什么生信分析会这么火? 最重要的原因是便宜、性价比高 一方面,各种公开的免费生信数据库和生信可视化分析工具越来越多,即使没有课题经费,按差异表达、聚类分析、交互网络、临床意义四步走做一套生信分析,也能无中生有发一套生信文章。 另一方面,随着高通量测序成本的不断下降,有越来越多的医生或者研究人员也慢 阅读全文
posted @ 2023-02-16 23:45 小高不高 阅读(1618) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:生存分析:将事件的结果(终点事件)和出现这一结果所经历的时间结合起来的一种统计分析方法。 生存分析的目的:1.生存率比较:估计处理组和对照组n年的生存率和中位生存期。2.生存曲线比较:比较处理组和对照组的生存率是否有差别。3.影响因素分析:分析变量与生存结局/事件的关系。4.生存预测:根据变量预测患 阅读全文
posted @ 2023-02-16 23:20 小高不高 阅读(4119) 评论(0) 推荐(1) 编辑

摘要:有的时候我们会发现,单因素cox回归某个基因对生存有意义,当以中位值绘制生存曲线的时候,却变得没意义了。 这是因为中位值并不是这个基因最合适的截断值,因此,我们需要选择最合适的截断值。 选择截断值的软件目前比较火比较方便的便是X-tile软件。 X-tile 软件 X-tile软件长这样: 如果把x 阅读全文
posted @ 2023-02-12 23:31 小高不高 阅读(2113) 评论(0) 推荐(1) 编辑

摘要:我们用横轴表达研究的时间轴,随着研究的开始,患者开始纳入研究: 随着时间的推移,越来越多的患者加入到研究中: 继续我们的观察,开始有患者出现了我们所期待的终点事件,像这样获得了终点事件的观察数据我们称其为完全数据: 当然,也有患者在没有出现所期待的终点事件的情况下离开研究(比如失访的患者)。此类未能 阅读全文
posted @ 2023-02-11 23:04 小高不高 阅读(711) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:生存分析只需要tumor数据,不要normal,将其去掉,新表达矩阵数据命名为exprSet;clinical信息需要进一步整理,成为生存分析需要的格式,新临床信息数据命名为meta。由于不同癌症的临床信息表格组织形式不同,这里的代码需要根据实际情况修改。 rm(list = ls()) optio 阅读全文
posted @ 2023-02-01 16:19 小高不高 阅读(1684) 评论(1) 推荐(1) 编辑

摘要:RNA高通量测序(RNA-sequencing,缩写为RNA-seq)是目前高通量测序技术中被用得最广的一种技术。 RNA-seq可以帮助我们了解:各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异。 RNA-seq可以检测的差异有:正常组织和肿瘤组织的之间的差异,药物治疗前后基因表达的差异,发育过程中不同的 阅读全文
posted @ 2023-02-01 11:09 小高不高 阅读(5492) 评论(1) 推荐(0) 编辑

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