2022 年 9月 15 日随笔档案 - 小高不高

GEO代码分析流程 - 5. 差异分析 - 可视化（作图） - 火山图、差异基因热图

摘要： 0. 准备 setwd("D:/R/CHOL") rm(list = ls()) load(file = "step1output.Rdata") load(file = "step4output.Rdata") 1. 火山图画不带基因标签的火山图 library(dplyr) library(g 阅读全文

posted @ 2022-09-15 12:29 小高不高阅读(1222) 评论(0) 推荐(0) 编辑

GEO代码分析流程 - 4. 差异分析 - 数据

摘要： 0. 准备 setwd("D:/R/CHOL") rm(list = ls()) load(file = "step2output.Rdata") 1. 差异分析差异分析，用limma包来做需要表达矩阵（exp）和分组信息（group_list），不需要改 library(limma) desi 阅读全文

posted @ 2022-09-15 12:28 小高不高阅读(678) 评论(0) 推荐(0) 编辑

GEO代码分析流程 - 3. 数据检查（质控） - PCA图、相关性热图

摘要： 0. 准备 setwd("D:/R/CHOL") rm(list = ls()) load(file = "step1output.Rdata") load(file = "step2output.Rdata") 1. 主成分分析图（Principal Component Analysis，PCA）阅读全文

posted @ 2022-09-15 12:26 小高不高阅读(865) 评论(0) 推荐(0) 编辑

GEO代码分析流程 - 2. 分组信息 & 探针注释

摘要： 0. 准备 setwd("D:/R/CHOL") rm(list = ls()) load(file = "step1output.Rdata") library(stringr) 1. group_list（实验分组）第一类，现成的某一列或在某列中包含（少见） group_list = pd$t 阅读全文

posted @ 2022-09-15 12:25 小高不高阅读(1133) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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