1. Perl
官网下载 https://www.perl.org/ : 点击DOWNLOAD进入下载:
推荐使用Strawberry Perl,该版本与其它系统的兼容性比较好,自带的包也比较多。点击“Strawberry Perl”进入下载:
选择 “strawberry-perl-5.38.0.1-64bit.msi” 下载:
下载好后双击进行安装。
注意:安装路径中不要出现中文和空格。
安装完成后,桌面不会出现Perl的图标。需要用以下方法判断是否安装成功:
打开cmd或power shell,运行以下代码:
1 perl -v
如果安装成功的话,会出现以下结果:
2. R
官网下载 https://www.r-project.org/ ,点击“download R”进入下载:
选择任意China的一个镜像,这里以第一个清华的镜像为例:
按照自己的电脑系统选择相应的R版本:
第一次安装选择“base”即可:
base:用于基本分发的二进制文件。这是你首次安装 R 的内容。
contrib:贡献的 CRAN 包的二进制文件(对于 R >= 3.4.x)。
old contrib:为过时的 R 版本提供的 CRAN 包的二进制文件(适用于 R < 3.4.x)。
Rtools:用于生成 R 和 R 包的工具。这是你希望在 Windows 上生成自己的包或生成 R 本身的内容。
将Rtools也下载安装。
点击“Download R-4.3.2 for Windows”进行下载:
下载好后双击进行安装。
注意:安装路径中不要出现中文和空格。
安装好后,打开R如下:
3. 安装R包
1. 从 CRAN 用代码安装R包
install.packages("ggplot2")
2. 从 Bioconductor 用代码安装R包
以limma包为例,网页搜索“limma Bioconductor”:
点进去之后就进入了Bioconductor的网站:
将installation中的代码复制到R语言中运行即可: