火山图 - 小高不高

火山图

1. 火山图的用途

主要是展示差异表达的基因，通常应用于转录组研究，也能应用于基因组，蛋白质组，代谢组等统计数据。

2. 怎么看火山图

1）坐标轴：

横轴是log2(Fold change)，显示差异倍数（FC），点越偏离中心，表示差异倍数越大；

纵轴是-log 10 (adj. p-value)，显示显著性，点越靠图的顶部，表示差异越显著；

2）点：

图中每个点代表一个检测到的基因（或蛋白、代谢物等），图中这些点分别具有不同颜色，颜色的意义可以参考图片右侧的图例：

UP：差异显著且上调的基因

DOWN：差异显著且下调的基因

NOT：差异不显著的基因

3）差异基因筛选阈值设置：

根据差异倍数（fold change）和显著性（P-value）设定差异基因的筛选阈值

p-value：表示某个基因在分组之间的表达是否差异显著，一般认为p-value<0.05为显著。adjusted p-value：即经过统计学方法校正后的p-value，由于统计学上常用的校正方法包括“BH”、“FDR”等，所以在一些文章中也会看到筛选差异基因的阈值是FDR<0.05。p值越小差异越显著，但直接用adjusted p-value画图的话点会集中在底部不美观，而-log 10 (adjusted p-value)转换后正好是反了过来，数值越大越显著，而且以10为底很容易换算回去，做出的图比较美观。

常见的P的取值有0.05，0.01...

Fold Change：表示两个分组之间的差异倍数，其绝对值越大说明某基因在两组之间的表达差异也越大。该值为正时，表示差异上调；该值为负时，表示差异下调。画图时，一般转换为log2FoldChange，使展示更直观。

logFC一般在10以内，差距为2¹⁰ = 1024倍。大多在5以内。常见的logFC有1（2倍），1.2，1.5，2（4倍），2.2...

示例：按示例图中将“adjusted p-value<0.05”且“log2FoldChange的绝对值大于1”设置为差异基因筛选阈值，那么：

-log 10 (adj. p-value) > 1.30且log2FoldChange > 1的基因为红色点，即UP；

-log10 (adj. p-value) >1.30且log2FoldChange < -1的基因为蓝色点，即DOWN；

-log 10 (adj. p-value) <1.30的基因为黑色点，即NOT。