GEO代码分析流程 - 8. 标准流程的后续 - string + Cytoscape

蛋白互作网络图 - 网页工具string

输入数据：差异基因

输出：一个ppi图，可以导出数据

放入Cytoscape进行网络可视化

制作string的输入数据

?

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setwd("D:/R/CHOL") load("step4output.Rdata") gene_up = deg[deg$change == "up","symbol"] gene_down =deg[deg$change == "down","symbol"] gene_diff = c(gene_up,gene_down) write.table(gene_up,file = "upgene.txt",row.names = F,col.names = F,quote = F) write.table(gene_down,file="downgene.txt",row.names = F,col.names = F,quote = F) write.table(gene_diff,file="diffgene.txt",row.names = F,col.names = F,quote = F)

保存上调、下调和所有差异基因，表中不显示行名、列名和引号

string分析

string网页工具：  https://cn.string-db.org/  ，选择Multiple proteins；

输入数据：可以上调（upgene.txt）、下调（downgene.txt）基因分开做，也可以合并成差异基因（diffgene.txt）一起做

List Of Names：基因或蛋白名称，每行一个名称，可以直接从文件中复制过来
... or, upload a file：包含基因或蛋白名称的文件，txt和csv均可，这里直接用上述的txt文件
Organisms：选择物种，人类：Homo sapiens

然后点击SEARCH，出现检查基因界面（一般不需要检查）。

检查基因后点击右上角CONTINUE出图（protein-protein interaction，PPI图，蛋白互作网络图）：

Exports输出tsv文件：“string_interactions.tsv”：

手动修改文件名为"string_interactionsup/down/diff.tsv"，用啥基因分析的就修改成啥样的文件名，该文件名之后代码中会用到。

制作Cytoscape的输入数据

1. 网络文件

?

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tsv = read.table("string_interactionsdiff.tsv",comment.char = "!",header = T) tsv2 = tsv[,c(1,2,ncol(tsv))] head(tsv2) write.table(tsv2,file = "cyto.txt",sep = "\t",quote = F,row.names = F)

1. 读取string分析的输出文件，第一行作为表头。需要修改文件名与string的输出文件一致（如果需要的话）。

2. 取tsv的前两列和最后一列。

3. 查看tsv2的前6行，前两列数据表示node1向node2的连线，combined_score列表示该连接的强弱。

4. 输出tsv2为txt文件，作为Cytoscape的网络文件。数据以制表符为分隔，不添加引号，不显示行名。

2. 属性文件

?

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p = deg[deg$change != "stable",c("symbol","logFC","P.Value")] head(p) write.table(p,file = "deg.txt",sep = "\t",quote = F,row.names = F)

1. 从deg中取差异基因的“symbol”（基因名），“logFC”，“P.Value”列。

3. 输出p为txt文件，作为Cytoscape的属性文件。数据以制表符为分隔，不添加引号，不显示行名。

用Cytoscape软件美化PPI图

1. 导入网络文件和属性文件

左侧为导入网络文件“cyto.txt”，右侧为导入属性文件“deg.txt”：

导入网络文件时，设置node1为绿色“Source Node”（源节点），node2为红色“Target Node”（靶节点），表示从“Source Node”组指向“Target Node”组；

设置combined_score为“Edge Attribute”（边）：

导入属性文件时，“Import Data as”默认为“Node Table Columns”，基因名“symbol”设置为“key”：

 得到PPI图：

 

 

 鼠标选中单个节点拖动，改变布局可以让中间的节点看着不拥挤。

2. 图片美化

选择参数区的Style，参数区Style介绍：

第一列Def.：全局属性更改。第二列Map.：将属性映射到某一列。第三列Byp.：更改选中节点的属性。

 

 

常用的节点参数：heighy+width（不锁定宽和高时），size（锁定宽和高时），fill color，border paint，border width，label font size，

常用的边参数：stroke color，width，

3. 插件

cytohHubba：寻找hub基因

Mcode：寻找子网络，寻找每个子网络的hub基因

3. 图片输出 

一般为pdf格式