1. 设置镜像
options("repos" = "https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/") if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F) options(BioC_mirror = "https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
2. R包分类
cran_packages <- c("tidyr", "tibble", "dplyr", "stringr", "ggplot2", "ggpubr", "factoextra", "FactoMineR", "devtools") Biocductor_packages <- c("GEOquery", "hgu133plus2.db", "KEGG.db", "limma", "impute", "GSEABase", "GSVA", "clusterProfiler", "org.Hs.eg.db", "preprocessCore", "hugene10sttranscriptcluster.db", "enrichplot", "ggplotify")
3. R包安装
for (pkg in cran_packages){ if (! require(pkg,character.only=T) ) { install.packages(pkg,ask = F,update = F) require(pkg,character.only=T) } } for (pkg in Biocductor_packages){ if (! require(pkg,character.only=T) ) { BiocManager::install(pkg,ask = F,update = F) require(pkg,character.only=T) } }
4. 判断是否安装成功
前面的所有提示和报错都先不要管。主要看这里:
for (pkg in c(Biocductor_packages,cran_packages)){ require(pkg,character.only=T) }
没有error就是成功! 哪个报错,就回去安装哪个。
如果你没有安装xx包,却提示你xx包不存在,这也正常,是因为复杂的依赖关系,缺啥补啥。
5. 本地安装AnnoProbe包
devtools::install_local("./AnnoProbe-master.zip",upgrade = F) library(AnnoProbe)
1. “./”表示该R包在当前工作目录。
AnnoProbe包中的几个好用函数:
1. idmap:获取探针注释
ids=idmap("GPL18084",type = "pipe")
给函数提供一个GPL编号,就能得到该芯片平台的探针注释(id和基因的对应关系)。
可以设置来源,默认来源是自主注释“pipe”。
2. geoChina:按 GSE id 下载表达数据集
geoChina('gse1009') load("GSE1009_eSet.Rdata")
“gse”大小写均支持。
该函数从“生信技能树”的服务器镜像上下载,下载文件在工作目录下,文件类型为Rdata,load即可得到变量“gset”列表。使用eset = gset即可同步变量名称。
3. annoGene:根据基因码中的 GTF 文件注释基因 ID
IDs <- c("DDX11L1", "MIR6859-1", "OR4G4P", "OR4F5") ID_type = "SYMBOL" annoGene(IDs, ID_type) annoGene(IDs, ID_type,out_file ='tmp.html') annoGene(IDs, ID_type,out_file ='tmp.csv')
1. 给定基因id
2. 给定基因的id类型,支持"ENSEMBL"与"SYMBOL"。
3. 注释基因 ID
4. 输出为html文件
5. 输出为csv文件
运行结果:SYMBOL(基因id),biotypes(基因类型), ENSEMBL(ENSEMBLID),chr(染色体位置),start(起始位置),start(中止位置)