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1. 设置镜像

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options("repos" = "https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")
if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F)
options(BioC_mirror = "https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

 2. R包分类

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cran_packages <- c("tidyr",
                   "tibble",
                   "dplyr",
                   "stringr",
                   "ggplot2",
                   "ggpubr",
                   "factoextra",
                   "FactoMineR",
                   "devtools")
Biocductor_packages <- c("GEOquery",
                         "hgu133plus2.db",
                         "KEGG.db",
                         "limma",
                         "impute",
                         "GSEABase",
                         "GSVA",
                         "clusterProfiler",
                         "org.Hs.eg.db",
                         "preprocessCore",
                         "hugene10sttranscriptcluster.db",
                         "enrichplot",
                         "ggplotify")

 3. R包安装

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for (pkg in cran_packages){
  if (! require(pkg,character.only=T) ) {
    install.packages(pkg,ask = F,update = F)
    require(pkg,character.only=T)
  }
}
for (pkg in Biocductor_packages){
  if (! require(pkg,character.only=T) ) {
    BiocManager::install(pkg,ask = F,update = F)
    require(pkg,character.only=T)
  }
}

 4. 判断是否安装成功

前面的所有提示和报错都先不要管。主要看这里:

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for (pkg in c(Biocductor_packages,cran_packages)){
  require(pkg,character.only=T)
}

没有error就是成功! 哪个报错,就回去安装哪个。

如果你没有安装xx包,却提示你xx包不存在,这也正常,是因为复杂的依赖关系,缺啥补啥。


 5. 本地安装AnnoProbe包

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devtools::install_local("./AnnoProbe-master.zip",upgrade = F)
library(AnnoProbe)

1. “./”表示该R包在当前工作目录。

AnnoProbe包中的几个好用函数:

1. idmap:获取探针注释

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ids=idmap("GPL18084",type = "pipe")

给函数提供一个GPL编号,就能得到该芯片平台的探针注释(id和基因的对应关系)。 

可以设置来源,默认来源是自主注释“pipe”。

2. geoChina:按 GSE id 下载表达数据集

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geoChina('gse1009')
load("GSE1009_eSet.Rdata")

“gse”大小写均支持。

该函数从“生信技能树”的服务器镜像上下载,下载文件在工作目录下,文件类型为Rdata,load即可得到变量“gset”列表。使用eset = gset即可同步变量名称。

3. annoGene:根据基因码中的 GTF 文件注释基因 ID

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IDs <- c("DDX11L1", "MIR6859-1", "OR4G4P", "OR4F5")
ID_type = "SYMBOL"
annoGene(IDs, ID_type)
annoGene(IDs, ID_type,out_file ='tmp.html')
annoGene(IDs, ID_type,out_file ='tmp.csv')

1. 给定基因id

2. 给定基因的id类型,支持"ENSEMBL"与"SYMBOL"。

3. 注释基因 ID

4. 输出为html文件

5. 输出为csv文件

运行结果:SYMBOL(基因id),biotypes(基因类型), ENSEMBL(ENSEMBLID),chr(染色体位置),start(起始位置),start(中止位置)


 

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