1. 设置镜像
1 2 3 | options ( "repos" = "https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/" ) if (! require ( "BiocManager" )) install.packages ( "BiocManager" ,update = F,ask = F) options (BioC_mirror = "https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/" ) |
2. R包分类
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 | cran_packages <- c ( "tidyr" , "tibble" , "dplyr" , "stringr" , "ggplot2" , "ggpubr" , "factoextra" , "FactoMineR" , "devtools" ) Biocductor_packages <- c ( "GEOquery" , "hgu133plus2.db" , "KEGG.db" , "limma" , "impute" , "GSEABase" , "GSVA" , "clusterProfiler" , "org.Hs.eg.db" , "preprocessCore" , "hugene10sttranscriptcluster.db" , "enrichplot" , "ggplotify" ) |
3. R包安装
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 | for (pkg in cran_packages){ if (! require (pkg,character.only=T) ) { install.packages (pkg,ask = F,update = F) require (pkg,character.only=T) } } for (pkg in Biocductor_packages){ if (! require (pkg,character.only=T) ) { BiocManager:: install (pkg,ask = F,update = F) require (pkg,character.only=T) } } |
4. 判断是否安装成功
前面的所有提示和报错都先不要管。主要看这里:
1 2 3 | for (pkg in c (Biocductor_packages,cran_packages)){ require (pkg,character.only=T) } |
没有error就是成功! 哪个报错,就回去安装哪个。
如果你没有安装xx包,却提示你xx包不存在,这也正常,是因为复杂的依赖关系,缺啥补啥。
5. 本地安装AnnoProbe包
1 2 | devtools:: install_local ( "./AnnoProbe-master.zip" ,upgrade = F) library (AnnoProbe) |
1. “./”表示该R包在当前工作目录。
AnnoProbe包中的几个好用函数:
1. idmap:获取探针注释
1 | ids= idmap ( "GPL18084" ,type = "pipe" ) |
给函数提供一个GPL编号,就能得到该芯片平台的探针注释(id和基因的对应关系)。
可以设置来源,默认来源是自主注释“pipe”。
2. geoChina:按 GSE id 下载表达数据集
1 2 | geoChina ( 'gse1009' ) load ( "GSE1009_eSet.Rdata" ) |
“gse”大小写均支持。
该函数从“生信技能树”的服务器镜像上下载,下载文件在工作目录下,文件类型为Rdata,load即可得到变量“gset”列表。使用eset = gset即可同步变量名称。
3. annoGene:根据基因码中的 GTF 文件注释基因 ID
1 2 3 4 5 | IDs <- c ( "DDX11L1" , "MIR6859-1" , "OR4G4P" , "OR4F5" ) ID_type = "SYMBOL" annoGene (IDs, ID_type) annoGene (IDs, ID_type,out_file = 'tmp.html' ) annoGene (IDs, ID_type,out_file = 'tmp.csv' ) |
1. 给定基因id
2. 给定基因的id类型,支持"ENSEMBL"与"SYMBOL"。
3. 注释基因 ID
4. 输出为html文件
5. 输出为csv文件
运行结果:SYMBOL(基因id),biotypes(基因类型), ENSEMBL(ENSEMBLID),chr(染色体位置),start(起始位置),start(中止位置)
分类:
GEO_mRNA
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