GEO代码分析流程 - 0. 安装R包

1. 设置镜像

options("repos" = "https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")
if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F)
options(BioC_mirror = "https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

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 2. R包分类

cran_packages <- c("tidyr",
                   "tibble",
                   "dplyr",
                   "stringr",
                   "ggplot2",
                   "ggpubr",
                   "factoextra",
                   "FactoMineR",
                   "devtools") 
Biocductor_packages <- c("GEOquery",
                         "hgu133plus2.db",
                         "KEGG.db",
                         "limma",
                         "impute",
                         "GSEABase",
                         "GSVA",
                         "clusterProfiler",
                         "org.Hs.eg.db",
                         "preprocessCore",
                         "hugene10sttranscriptcluster.db",
                         "enrichplot",
                         "ggplotify")

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 3. R包安装

for (pkg in cran_packages){
  if (! require(pkg,character.only=T) ) {
    install.packages(pkg,ask = F,update = F)
    require(pkg,character.only=T) 
  }
}
for (pkg in Biocductor_packages){
  if (! require(pkg,character.only=T) ) {
    BiocManager::install(pkg,ask = F,update = F)
    require(pkg,character.only=T) 
  }
}

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 4. 判断是否安装成功

前面的所有提示和报错都先不要管。主要看这里：

for (pkg in c(Biocductor_packages,cran_packages)){
  require(pkg,character.only=T) 
}

没有error就是成功！ 哪个报错，就回去安装哪个。

如果你没有安装xx包，却提示你xx包不存在，这也正常，是因为复杂的依赖关系，缺啥补啥。

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 5. 本地安装AnnoProbe包

devtools::install_local("./AnnoProbe-master.zip",upgrade = F)
library(AnnoProbe)

1. “./”表示该R包在当前工作目录。

AnnoProbe包中的几个好用函数：

1. idmap：获取探针注释

ids=idmap("GPL18084",type = "pipe")

给函数提供一个GPL编号，就能得到该芯片平台的探针注释（id和基因的对应关系）。 

可以设置来源，默认来源是自主注释“pipe”。

2. geoChina：按 GSE id 下载表达数据集

geoChina('gse1009')
load("GSE1009_eSet.Rdata")

“gse”大小写均支持。

该函数从“生信技能树”的服务器镜像上下载，下载文件在工作目录下，文件类型为Rdata，load即可得到变量“gset”列表。使用eset = gset即可同步变量名称。

3. annoGene：根据基因码中的 GTF 文件注释基因 ID

IDs <- c("DDX11L1", "MIR6859-1", "OR4G4P", "OR4F5")
ID_type = "SYMBOL"
annoGene(IDs, ID_type)
annoGene(IDs, ID_type,out_file ='tmp.html')
annoGene(IDs, ID_type,out_file ='tmp.csv')

1. 给定基因id

2. 给定基因的id类型，支持"ENSEMBL"与"SYMBOL"。

3. 注释基因 ID

4. 输出为html文件

5. 输出为csv文件

运行结果：SYMBOL（基因id），biotypes（基因类型）， ENSEMBL（ENSEMBLID），chr（染色体位置），start（起始位置），start（中止位置）

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