摘要:为什么生信分析会这么火? 最重要的原因是便宜、性价比高 一方面,各种公开的免费生信数据库和生信可视化分析工具越来越多,即使没有课题经费,按差异表达、聚类分析、交互网络、临床意义四步走做一套生信分析,也能无中生有发一套生信文章。 另一方面,随着高通量测序成本的不断下降,有越来越多的医生或者研究人员也慢
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随笔分类 - 生信基础知识
摘要:有的时候我们会发现,单因素cox回归某个基因对生存有意义,当以中位值绘制生存曲线的时候,却变得没意义了。 这是因为中位值并不是这个基因最合适的截断值,因此,我们需要选择最合适的截断值。 选择截断值的软件目前比较火比较方便的便是X-tile软件。 X-tile 软件 X-tile软件长这样: 如果把x
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摘要:我们用横轴表达研究的时间轴,随着研究的开始,患者开始纳入研究: 随着时间的推移,越来越多的患者加入到研究中: 继续我们的观察,开始有患者出现了我们所期待的终点事件,像这样获得了终点事件的观察数据我们称其为完全数据: 当然,也有患者在没有出现所期待的终点事件的情况下离开研究(比如失访的患者)。此类未能
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摘要:RNA高通量测序(RNA-sequencing,缩写为RNA-seq)是目前高通量测序技术中被用得最广的一种技术。 RNA-seq可以帮助我们了解:各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异。 RNA-seq可以检测的差异有:正常组织和肿瘤组织的之间的差异,药物治疗前后基因表达的差异,发育过程中不同的
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