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随笔分类 -  GEO_mRNA

摘要:蛋白互作网络图 - 网页工具string 输入数据:差异基因 输出:一个ppi图,可以导出数据 放入Cytoscape进行网络可视化 制作string的输入数据 setwd("D:/R/CHOL") load("step4output.Rdata") gene_up = deg[deg$change 阅读全文
posted @ 2022-09-22 22:39 小高不高 阅读(505) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:1. 配对样本的差异分析 在差异分析的数据处理中,只有design这一行代码有区别 pairinfo = factor(c(1,2,1,3,2,3)) design = model.matrix(~group_list + pairinfo) 配对信息:1,2,3分别为三个病人; 分组信息:由gro 阅读全文
posted @ 2022-09-16 00:11 小高不高 阅读(408) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:0. 准备 setwd("D:/R/CHOL") rm(list = ls()) load(file = "step4output.Rdata") library(clusterProfiler) library(dplyr) library(ggplot2) 构建kegg_plot函数(以up_k 阅读全文
posted @ 2022-09-16 00:09 小高不高 阅读(1524) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:0. 准备 setwd("D:/R/CHOL") rm(list = ls()) load(file = "step1output.Rdata") load(file = "step4output.Rdata") 1. 火山图 画不带基因标签的火山图 library(dplyr) library(g 阅读全文
posted @ 2022-09-15 12:29 小高不高 阅读(1460) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:0. 准备 setwd("D:/R/CHOL") rm(list = ls()) load(file = "step2output.Rdata") 1. 差异分析 差异分析,用limma包来做 需要表达矩阵(exp)和分组信息(group_list),不需要改 library(limma) desi 阅读全文
posted @ 2022-09-15 12:28 小高不高 阅读(845) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:0. 准备 setwd("D:/R/CHOL") rm(list = ls()) load(file = "step1output.Rdata") load(file = "step2output.Rdata") 1. 主成分分析图(Principal Component Analysis,PCA) 阅读全文
posted @ 2022-09-15 12:26 小高不高 阅读(1095) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:0. 准备 setwd("D:/R/CHOL") rm(list = ls()) load(file = "step1output.Rdata") library(stringr) 1. group_list(实验分组) 第一类,现成的某一列或在某列中包含(少见) group_list = pd$t 阅读全文
posted @ 2022-09-15 12:25 小高不高 阅读(1433) 评论(3) 推荐(0) 编辑

摘要:0. 准备 setwd("") rm(list = ls()) options(stringsAsFactors = F) library(GEOquery) library(limma) library(tidyverse) 1. 数据下载 # 下载Series Matrix File(s) gs 阅读全文
posted @ 2022-09-08 22:30 小高不高 阅读(4364) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:1. 设置镜像 options("repos" = "https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/") if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F) options( 阅读全文
posted @ 2022-09-08 22:29 小高不高 阅读(401) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:1. 热图 输入数据是数值型矩阵 / 数据框 颜色的变化表示数值的大小 2. 散点图和箱线图 散点图和箱线图的差别:箱线图就是散点图把横坐标弱化的结果。弱化个体的概念,强化群体的概念,把同一个分组放到一起,就形成了箱线图。 箱线图的输入数据是一个数值型向量和一个字符串向量(重复值) 箱线图: 箱线图 阅读全文
posted @ 2022-09-08 18:38 小高不高 阅读(2792) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:实验设计 实验目的:通过基因表达量数据的差异分析和富集分析来解释生物学现象 病变组织 vs 健康组织 药物处理 vs 对照组 ...... 有差异的材料 → 差异基因 → 代谢通路 / 功能注释 → 解释差异的原理 GEO数据: 用户提交给GEO的样本数据。(GSM) 一个完整的研究,并提供了整个研 阅读全文
posted @ 2022-09-08 18:38 小高不高 阅读(679) 评论(0) 推荐(1) 编辑

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