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摘要：
1. 函数源代码 该R包中最主要的函数是 hclust ，代码如下： > fastcluster::hclust function (d, method = "complete", members = NULL) { if (method == "ward") { message("The \"wa 阅读全文
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1. R包简介 该R包通过估计RNA转录本的相对亚群进行细胞类型鉴定。 该R包中有3个主要函数和1个次要函数，分别是： CoreAlg() ：Core algorithm，使用 svm 的 CIBERSORT 的核心算法 doPerm() ：do permutations，做排列分析 ciberso 阅读全文
摘要：
气泡图 可以利用圆圈的大小和颜色呈现不同的信息。 颜色=大小 上图可以很明显的比较不同癌症中，重点基因的表达上调，下调情况。 输入数据： CancerType SEMA3A SEMA3B SEMA3C SEMA3D SEMA3E SEMA3F SEMA3G ACC 0.3058794 0.67491 阅读全文
摘要：
小提琴图代码 1. 单个基因表达_临床特征分组 输入数据： id Stage SEMA3A TCGA-F1-6177-01A Stage I 0.2202665 TCGA-IN-A6RI-01A Stage I 0.1181326 TCGA-VQ-A8PX-01A Stage I 0.3914619 阅读全文
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1. GO富集分析 输入数据 使用 enrichGO {clusterProfiler} 函数得到 ONTOLOGY ID Term GeneRatio BgRatio pvalue p.adjust qvalue geneID Count BP GO:0032496 response to lip 阅读全文
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相邻节点数量条形图 结果图展示 该条形图展示的是相邻节点数（number of adjacent nodes）最高的前几位节点。 输入数据 该输入数据的每一行都显示的是两个存在连接的相邻节点（adjacent nodes）。 node1 node2 RAD51 MND1 ZWINT BUB1B IL 阅读全文
摘要：
免疫细胞浸润百分比堆积条形图 该条形图展示的是每个TCGA的肿瘤样本中各个免疫细胞所占的比例。 输入数据 该输入数据的每一行显示的是一个TCGA的肿瘤样本中各个免疫细胞所占的比例。每一行的数据用制表符“\t”分隔。 Mixture B cells naive B cells memory Plasm 阅读全文
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表达矩阵文件一般比较大，小的几百M，大的1-2个G，浏览器直接下载很慢，后台一直打包下载不下来。 1.用命令行下载。 gdc-client工具下载网站： https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 。此外，用 gdc-clien 阅读全文