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R 中Cluster包总结 1. 怎样快速入门一个R包 这两天查看了十几个R包，也算是对看R入门一个R包有一些经验了把～ 所有的R包都附带一个manual（有些R包还会有一个小manual，做简介用，那就更好了）。把manual下下来，看看它的最前面有没有一个对整个包general的介绍，如果有，那 阅读全文
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https://www.r-bloggers.com/hierarchical-clustering-in-r-2/ 阅读全文
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Beta多样性和生态相似性 Beta多样性（β多样性，Beta diversity），即在一个梯度上从一个生境到另一个生境所发生的种的多样性变化的速率和范围，它是研究群落之间的种多度关系。Beta多样性本身代表了一个复杂的问题，可以被视为物种更替（物种沿空间、时间或环境梯度的定向过程）或物种组成的差 阅读全文
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PCA 分析(Principal Component Analysis)，即主成分分析，是一种对数据进行简化分析的技术，这种方法可以有效的找出数据中最“主要”的元素和结构，去除噪音和冗余，将原有的复杂数据降维，揭示隐藏在复杂数据背后的简单结构。其优点是简单且无参数限制。通过分析不同样品OTU（97% 阅读全文
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层次聚类，基于指定的相似度或距离定义计算出类之间距离，再进行聚类 距离算法很多，得看是否适用于生态学 下面链接对多种距离的解释 https://blog.csdn.net/enyayang/article/details/101537751 样本间距离是指样本之间的相似程度，可以通过数学方法估算。样 阅读全文
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https://www.jianshu.com/p/b33dc9d994a9 阅读全文
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https://ww2.mathworks.cn/help/stats/hierarchical-clustering.html https://ww2.mathworks.cn/help/stats/dendrogram.html 阅读全文
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https://mothur.org/wiki/Unifrac.unweighted The unifrac.unweighted comand implements the unweighted UniFrac algorithm. The unifrac.weighted command imp 阅读全文
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(un)Weighted UniFrac 分析 UniFrac分析利用各样品序列间的进化信息来比较环境样品在特定的进化谱系中是否有显著的微生物群落差异。 UniFrac 可用于beta 多样性的评估分析，即对样品两两之间进行比较分析，得到样品间的unifrac距离矩阵。其计算方法为：首先利用来自不同 阅读全文
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ggtree iTOL（http://itol.embl.de/） 阅读全文
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https://ww2.mathworks.cn/help/stats/dendrogram.html 阅读全文
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Visualizing Dendrograms in R by: Gaston Sanchez Dendro…what? A dendrogram is the fancy word that we use to name a tree diagram to display the groups f 阅读全文