08 2024 档案

ΔΔG 值

摘要：在你的代码中，DDG 代表蛋白质复合物在某种突变下的自由能差异（ΔΔG）。这个值通常用于预测蛋白质突变对其稳定性或结合自由能的影响。在生物化学中，ΔΔG 是一种非常重要的指标，用于评估突变是否会使蛋白质更加稳定或不稳定。模型的工作流程 ComplexEncoder 类: 该类用于编码蛋白质复合物的阅读全文

posted @ 2024-08-30 10:00 GraphL 阅读(296) 评论(0) 推荐(0) 编辑

负对数似然（NLL）和困惑度（PPL）

摘要：让我们通过一个简单的例子来演示这段代码的计算过程，包括负对数似然（NLL）和困惑度（PPL）的计算。为了简化，我们将假设一个非常小的模型输出和数据。假设：我们有两个样本（即 batch size 为 2）。每个样本有 3 个可能的类别，S_logits 是模型输出的 logits。 smask 阅读全文

posted @ 2024-08-29 20:34 GraphL 阅读(256) 评论(0) 推荐(0) 编辑

平滑处理

摘要：当然，我可以通过一个简化的例子来解释你提供的代码中的平滑处理操作。假设和设定类别数 num_aa_type：假设有 3 个类别（氨基酸类型）。嵌入向量维度 embed_size：假设每个类别的嵌入向量的维度是 2。 smooth_prob：假设对于一个样本的概率分布为 [0.1, 0.7, 0 阅读全文

posted @ 2024-08-28 16:41 GraphL 阅读(24) 评论(0) 推荐(0) 编辑