摘要：
抽象类是从多个具体类中抽象出来的父类，它具有更高层次的抽象。抽象类体现的就是一种模板模式的设计，抽象父类可以只定义需要使用的某些方法，把不能实现的某些部分抽象成抽象方法，留给其子类去实现。具体来说，抽象类的使用有以下几点要注意： 1.抽象方法和抽象类必须使用abstract来修饰，其中抽象方法不能有 阅读全文
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有时候会用R语言写一下简单的脚本处理函数，加入需要调试的话可以按照下面的步骤进行： 先创建一个简单的函数，然后用debug() 函数对创建的fun()函数进行debug。这时控制台没有任何变化，但是当再次运行创建函数时会进入debug状态： 可以在debug状态查看变量值，单步运行。 键入n:运行下 阅读全文
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测序数据中经常会接触到fastq格式的文件，比如说拿到fastq格式的原始数据后希望查看测序碱基的质量并去除低质量碱基。一般而言大家都是用现有的工具，比如说fastqc这个Java写的小程序，确实很好用，运行速度快，检查的项目也多。有时候我们也需要对这些数据进行个性化的分析，那么这个时候这些小工具就 阅读全文
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生物信息中有时候会遇到JAVA写的程序，今天阅读源码的时候发现对于正则中的转义符不好理解，后来查资料后终于弄明白了，这里详细说明一下： 字符串的表示有三种方法：1、直接单字符，例如“A”；2、由转义字符表示的特殊字符，例如“\t”; 3、Unicode字符，例如“\u0008”。其中转义字符表示的字 阅读全文
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直接上连接： http://primer3plus.com/cgi-bin/dev/primer3plus.cgi 阅读全文
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熟练运用R语言的集合操作在很多时候可以省去for循环，从而提升数据处理效率。废话不多说，集合操作相对简单，贴一段代码就懂了！ 阅读全文
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虽然R语言有类型很丰富的数据结构，但是很多时候数据结构比较复杂，那么基本就会用到list这种结构的数据类型。但是list对象很难以文本的形式导出，因此需要一个函数能快速将复杂的list结构扁平化成dataframe。这里要介绍的就是do.call函数。 这里是do.call 函数的官方文档： Exe 阅读全文
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Bedtools 是一个很好的用来处理区间的工具，很多时候用这个底层语言编写的小工具比自己写的脚本运行快很多，但是这个工具中的某些功能对输入文件有一定的要求，比如说里面的一个merge函数，这是里面的一个note： Note： bedtools merge requires that you pre 阅读全文