三代测序数据分析软件Canu的安装和使用(连载1)

一、Linux服务器安装canu

1.   下载canu（版本canu-1.4）

   首先打开Canu安装包下载网页：https://github.com/marbl/canu/releases

   下载Source code并上传到服务器上：

2.   解压文件、编译

   按照一下安装步骤安装即可：

 

3.   设置环境变量

安装完成后，添加环境变量:

$ vi ~/.bash_profile 

    export PATH=/public1/your-directory/canu-1.4/Linux-amd64/bin:$PATH

$ source ~/.bash_profile

二、安装GNUPLOT

确保你服务器有安装 GNUPLOT和1.8版本以上的JAVA

如何安装GNUPLOT？

1.   下载gnuplot（版本5.0.5）

   进入下载页面：https://sourceforge.net/projects/gnuplot/files/gnuplot/5.0.5/

2.   解压文件、配置安装路径、编译

$ tar -zxvf gnuplot-5.0.5.tar.gz

$ ./configure --prefix=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5

$ make

$ make install

 

3.   配置环境变量、编译

$ vi ~/.bash_profile

    export GNUPLOT=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5
    export PATH=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5/bin:$PATH
    export MANPATH=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5/share/man/man1:$MANPATH

$ source ~/.bash_profile

 

三、Canu的简单使用

1.   设置spec文件

$ vi spec.txt

useGrid=1
gridOptions=-S /bin/bash -q all.q -l mem_free=60g
gridEngineThreadsOption=-pe mpi THREADS
gridEngineMemoryOption=-l mem_total=MEMORY
corOutCoverage=80
ovbMemory=8g
maxMemory=500g
maxThreads=48
ovsMemory=8-500g
ovsThreads=4
oeaThreads=4

2.   运行

$ canu -s spec.txt -p ecoli -d ecoli-auto genomeSize=4.8m -pacbio-raw p6.25x.fastq