【每日进步】April 2012
------------------------------------------------- 2012/04/25 周三-----------------------------------------
Linux:
1. tar -zcvf *.tar.gz *得到的文件tar.gz是压缩（-z）和归档（-c）文件，不能追加文件
如果希望追加，不要使用-z -j选项 即：tar -cvf *.tar.gz *
2. 使用ssh提交单个命令时有时执行结束后不会自动退出：命令后面加上0</dev/null 1>/dev/null 2>/dev/null，保证ssh提交任务后退出
3. 修改bash的行编辑模式为vi, 并对所有用户有效：修改/etc/bash.bashrc 添加set -o vi
4. ubuntu11.10 有个bug，设定好的resolv.conf在重启后会自动被清空，试过使用rc2脚本修改该文件，重启后还是会被清空。现在的解决方法是sudo chattr +i /etc/resolv.conf 重启后不再被清空。
5. chattr lsattr, 修改查看linux文件系统的文件属性
6. 自定义bash的prompt，修改环境变量PS1。可使用的转意符号及可以用的颜色值见如下参考链接，目前使用的设置为：
PS1="\[\e[1;31m\][\d \t]\[\e[1;32m\]\u\[\e[0m\]@\[\e[4;32m\]\h\[\e[0m\]\[\e[1;35m\]:\W\[\e[0m\]\$ \[\e[0;37m\]"
参考：https://wiki.archlinux.org/index.php/Color_Bash_Prompt http://www.linuxselfhelp.com/howtos/Bash-Prompt/Bash-Prompt-HOWTO-2.html
7. C里面查看CPU affinity，使用sched_getaffinity获得、CPU_ISSET检查，CPU_ISSET等宏需要在#include <sched.h>前定义如下宏：
#define __USE_GNU
然后使用sysconf(_SC_NPROCESSORS_CONF)获得系统cpu个数，循环使用CPU_ISSET检查。
参考：http://www.chinaunix.net/jh/4/904906.html
8. 理解/proc/cpuinfo：如果cpu cores = siblings 表明超线程OFF，否则超线程是开启的，会出现多个逻辑CPU的physical 和 core id 是相同的。
physical id 与 core id 未必是连续的值，
使用如下命令查看以上信息：cat /proc/cpuinfo | egrep 'processor|model name|cache size|core|sibling|physical'
参考： http://www.richweb.com/cpu_info
9. 在.bashrc中修改已存在的环境变量时，如PATH，使用PATH=。。。即可，但如果是添加新的环境变量需要使用export，如果使用前一种方法，得到的变量只对shell有效，echo 时也会正确显示，但并不会传递给子进程。如：
在.bashrc 中添加 MYENV=～/xxxx, 在shell中输入echo $MYENV 会正确显示，但运行的命令不会继承。
10. 目录的rwx权限含义与文件的不同，r表示是否可以list文件列表，w可修改目录中的文件/子目录，x能否进入该目录
11. chattr，lsattr仅对ext2及以上的fs有效，其他文件系统如nfs，会出现lsattr: Inappropriate ioctl for device While reading flags on
Torque, Maui:
1. Resource Management System : OpenPBS（现在的torque前身）, PBSPro, Loadleveler, SGE, etc.
2.Maui is a scheduler, it makes decisions about where, when, and how to run jobs as specified by a set of configurable policies, priorities, and limits. It makes and enforces its decisions by querying and controlling a resource management system such as OpenPBS, PBSPro, Loadleveler, SGE, etc.
3. PBS 的queue与server的resources_(default, max, min, available, assigned)等属性
4. 使用PBS提交了一个需要1节点2CPU的程序，提交后一直处于Q状态，一开始怀疑系统中资源不够用了，pbsnodes 查看，集群中有53节点处于free状态，调查后发现是权限不够，Maui的控制文件maui.cfg中的 USERCFG 控制用户的资源使用权限，我使用的用户MAXPROC=1，导致资源申请不到。
5. Maui从3.2开始支持资源预留，setres showres使用这些命令需要相关权限
SSH, SFTP, Windows:
1. 需要在windows操作Linux服务器，使用SecureCRT + WInSCP 这两个软件试过，很好用
Perl:
1. 三种数据类型 对应标量、数组、hash
2. 多维数组定义 my @arr = ([], []....); 第一次使用弄混了括号，结果报错
3. 其他各种维度的数组，我是使用for循环一步一步生成的，未找到简单的方法：
这种方式算是C中数据结构形式，Perl中有没有别的方式处理未知。
for(my $i = 0; $i < 3; $i++)
{
my @tmpj;
for(my $j = 0; $j < 3; $j++)
{
$tmpj[$j] = 0;
}
$total[$i] = [@tmpj];
}
4. 文件处理 open close
5. 划分字符串 split 类似于strtok，不过强大多了
6. 使用RE处理字符串问题、验证字符串是否为数字 =~ !~
7. 自定义函数 sub 参数存放在$_中，结果返回可以使用return，也可以是最后一条指令的返回值（没试过）
8. next if...;类似于C中的 if...continue;
------------------------------------------------- 2012/04/26 周四-----------------------------------------
Linux，MPI:
1. taskset 来做 processor affinity, 运行结果：
$ mpirun -n 3 taskset -c 0 ./a.out : -n 2 taskset -c 1 ./a.out
hostname[hadoop16], rank[2/5], processor affinity[1]
hostname[hadoop16], rank[4/5], processor affinity[2]
hostname[hadoop16], rank[3/5], processor affinity[2]
hostname[hadoop16], rank[0/5], processor affinity[1]
hostname[hadoop16], rank[1/5], processor affinity[1]
以上结果运行在单个节点，两个CPU
若需要在多个节点使用Processor affinity，在machinefile中可以重复设置节点，如每个节点两个CPU，可写为如下：
hadoop3
hadoop4
hadoop3
hadoop4
运行命令:$ mpirun -machinefile mfile -n 2 taskset -c 0 ./a.out : -n 2 taskset -c 1 ./a.out
hostname[hadoop3], rank[0/4], processor affinity[1]
hostname[hadoop3], rank[2/4], processor affinity[2]//mpd按mfile顺序分配rank，所以hadoop3都是偶数rank
hostname[hadoop4], rank[1/4], processor affinity[1]
hostname[hadoop4], rank[3/4], processor affinity[2]
2. numactl 用来做Memory/processor affinity,（没试过）
3. env ：run a program in a modified environment
4. A Beowulf cluster is a computer cluster of what are normally identical, commodity-grade computers networked into a small local area network with libraries and programs installed which allow processing to be shared among them. One of the main differences between Beowulf and a Cluster of Workstations (COW) is that Beowulf behaves more like a single machine rather than many workstations. In most cases client nodes do not have keyboards or monitors, and are accessed only via remote login or possibly serial terminal
------------------------------------------------- 2012/04/27 周五-----------------------------------------
NAMD，MPI：
1. 安装时version选的mpi-linux, make时报错，找不到sfftw.h srfftw.h，看了下安装目录，有fftw.h rfftw.h，查看fftw的configure选项，添加--enable-float(不加这个生成的前缀是d) --enable-type-prefix, 重新编译安装，进namd目录make，搞定。
2. Charm++ is a parallel object-oriented programming language based on C++ and developed in the Parallel Programming Laboratory at the University of Illinois.
参考：http://en.wikipedia.org/wiki/Charm%2B%2B
