Linux版blast配置自己的数据库
环境
- 阿里云ECS服务器
- 系统：Ubuntu 20.04
- 已经搭建好blast服务(如果还没搭建，可以参考我的博客:https://www.cnblogs.com/Coder-Photographer/p/13602442.html)
很多人都是选择NCBI等网站的数据搭建，但是我需要用自己的FASTA文件搭建数据库
搭建数据库
创建数据库文件
mkdir bio-db
移动要构建数据库的FASTA文件到文件
cp xxxxx.fasta bio-db
# 切换到bio-db 文件夹
cd bio-db
输入命令来构建
# 更多makeblastdb命令，请用 makeblastdb -h 查询，这里只是举例
makeblastdb -in 你的fasta文件 -dbtype 数据库类型
例如
makeblastdb -in ./fasta_files/EPI_ISL_468719.fasta -dbtype nucl
结果如下图所示
测试
选取一个新的fasta文件测试
blastn -query 新的fasta文件 -db 数据库存放的位置 -out 输出的结果文件名 -outfmt 输出格式
例如
blastn -query XXXX.fasta -db /root/bio-db/id_no_short_seqs.fas -out firstExample.txt -outfmt 6
如果 outfmt的参数是6
从左到右各列参数为
Query_id Subject_id %_identity alignment_length mismatches gap_openings q. start q. end s. start s. end e-value bit_score
输出结果
注：本博客基于官网文档和B站UP主的视频完成 XiongdyMishika
在此也对UP主：XiongdyMishika 感谢！
