深度学习框架火焰图pprof和CUDA Nsys配置指南

注：如下是在做深度学习框架开发时，用到的火焰图pprof和 CUDA Nsys 配置指南，可能对大家有一些帮助，就此分享。一些是基于飞桨的Docker镜像配置的。

一、环境 & 工具配置

0. 开发机配置

# 1.构建镜像, 记得映射端口，可以多映射几个；记得挂载ssd目录，因为数据都在ssd盘上
nvidia-docker run -it --name=profile_dev --shm-size 128G --ulimit core=-1 --cap-add ALL -v $PWD:/workspace -v /ssd1:/ssd1 -v /ssd2:/ssd2 -v /ssd3:/ssd3 --net=host -p 9422:22 -p 9423:9423 -p 9424:9424 registry.baidubce.com/paddlepaddle/paddle:latest-dev-cuda11.2-cudnn8-gcc82 /bin/bash

# 2.更新设置，安装vim
apt update
apt install vim

# 3. 将代理保存到 ~/.my_profile
# 4.安装zsh 和 oh_my_zsh
apt install zsh
sh -c "$(curl -fsSL https://raw.github.com/ohmyzsh/ohmyzsh/master/tools/install.sh)"
# 5. 自动初始化个性化设置
vim ~/.zshrc
# 最后一行添加 source ~/.my_profile

# 6. 配置性能优化工具
apt install libgoogle-perftools-dev

# 7. 创建全局python3.7 沙盒
virtualenv env3.7 --python=python3.7
source env3.7/bin/activate

# 8. 配置pprof
rm -rf /usr/local/go
tar -xzf go1.16.4.linux-amd64.tar.gz -C /usr/local
export GOROOT=/usr/local/go
export PATH=/root/gopath/bin:$GOROOT/bin:$PATH
go version
go get github.com/google/pprof

1. NsightSyetem 工具

1.1 前序准备

NsightSystem 是一个集终端 CUDA Profile 日志生成和 前端可视化 timeline 分析的强大工具。安装 nsys 需要分别下载适合Unix 的 Installer 和 Mac/Windows 的可视化终端。

  • Step 1： 注册 Nvidia 账号（略）
  • Step 2：下载 Linux Installer
  • Step 3：下载桌面客户端
    • MAC：Nvidia NSight Systems

1.2 安装过程

首先，在创建 docker 镜像时，需要加上 --privileged=true，否则可能无权限读取Performance Counter。比如：

  • 现在不允许加 --privileged=true 了，只需要加 --cap-add ALL 即可
  • doacker 容器命令前文档最前面

然后，在 docker 容器中的命令行下，安装 nsys：

# step 1: 此处是旧的，推荐大家下载最新的按照包
bash NsightSystems-linux-public-2020.4.1.144-20fdc64.run  

# step 2: 然后 Enter 键，并翻页到最后，键入 ACCEPT 接受协议

# step 3: 输入安装路径，或者回车使用默认路径，完成安装。
Enter install path: [ default is /opt/nvidia/nsight-systems/2020.4.1 ]:
...
========================================
To uninstall the Nsight Systems 2020.4.1, please delete "/opt/nvidia/nsight-systems/2020.4.1"
Installation Complete

# step 4: 将安装路径加入PATH
$ export PATH=/opt/nvidia/nsight-systems/2020.4.1/bin:$PATH
$ which nsys
/opt/nvidia/nsight-systems/2020.4.1/bin/nsys

注：桌面可视化的客户端安装非常简单，和安装其他软件无差别。

1.3 基础用法

常用命令如下：

nsys profile -w true -t cuda,nvtx,osrt,cudnn,cublas -s cpu --cud -x true python abs.py

"""
–stats=true，表示在收集完信息后，会在终端输出本次profiling的统计概要。
-t cuda，用于指定待profiling的 API.可以设置为cublas, cuda, cudnn, nvtx, opengl, openacc, openmp, osrt, mpi, vulkan, none
"""

注：更多用法，可以参考：nsys文档。

命令执行完，会在当前路径下生成一个 *.qdrep文件，将其拖入 NSight GUI 工具即可。

2. 火焰图

2.1 yep 库

C++的性能分析工具非常多。常见的包括gprof, valgrind, google-perftools。但是调试Python中使用的动态链接库与直接调试原始二进制相比增加了很多复杂度。幸而Python的一个第三方库yep提供了方便的和google-perftools交互的方法。于是这里使用yep进行Python与C++混合代码的性能分析。

使用yep前需要安装google-perftools与yep包。ubuntu下安装命令为：

apt update
apt install libgoogle-perftools-dev
pip install yep

因为C++与Python不同，编译时可能会去掉调试信息，运行时也可能因为多线程产生混乱不可读的性能分析结果。为了生成更可读的性能分析结果，可以采取下面几点措施:

  • 编译时指定-g生成调试信息。使用cmake的话，可以将CMAKE_BUILD_TYPE指定为RelWithDebInfo
  • 编译时一定要开启优化。单纯的Debug编译性能会和-O2或者-O3有非常大的差别。Debug模式下的性能测试是没有意义的
  • 运行性能分析的时候，先从单线程开始，再开启多线程，进而多机。毕竟单线程调试更容易。可以设置OMP_NUM_THREADS=1这个环境变量关闭openmp优化

2.2 pprof 命令

在运行完性能分析后，会生成性能分析结果文件。我们可以使用pprof来显示性能分析结果。注意，这里使用了用Go语言重构后的pprof，因为这个工具具有web服务界面，且展示效果更好。

首先，安装 GO 环境，以Linux为例：

# step 1: 下载较新的的 GO 安装文件
wget https://golang.org/dl/go1.16.4.linux-amd64.tar.gz

# step 2: 删除系统旧版的 go
rm -rf /usr/local/go

# step 3: 解压到 /usr/local 目录
tar -xzf go1.16.4.linux-amd64.tar.gz -C /usr/local

# step 4: 设置环境变量
export GOROOT=/usr/local/go
export PATH=/root/gopath/bin:$GOROOT/bin:$PATH

# step 5: 验证安装
go version

然后，安装 pprof 命令：

go get github.com/google/pprof

2.3 基础用法

生成日志文件：

python -m yep -- model.py --device=GPU ....

可以启动一个服务，查看火焰图：

pprof -http=0.0.0.0:8878 `which python`  ./main.py.prof

二、模型性能分析

1. 日志生成

1.1 Profiler timeline

对于模型代码，需要在训练的 for 循环中，添加如下代码：

if iter == 100:
    profiler.start_profiler("All", "OpDetail")
if iter == 110:
    profiler.stop_profiler("total", "./profile")
    return

其中 start_profiler 的 trace_option 建议设置为 “Default“ 或 “OpDetail“ ，取10次迭代数据。

执行完之后，会在终端输出日志汇总结果，同时也会生成一个文件。该文件的路径为./profile

图片

执行如下命令，可以生成 timeline 文件，方便在 chrom 浏览器中查看：

python Paddle/tools/timeline.py --profile_path=./profile --timeline_path=timeline
  • 访问 chrome://tracing/
  • 点击 load 按钮，加载 timeline文件

1.2 NSight timeline

在模型训练相关的 for 循环中，添加如下代码：

  • 使用nvprof_start()和core.nvprof_stop()控制profile的开始和结束
  • 使用core.nvprof_nvtx_push(）和core.nvprof_nvtx_pop() 添加要统计的特定event。在event开始前push event 的名称，在event结束后，进行 pop。
  • 例如下面代码，使用迭代次数作为事件的名称。
for iter_id, data in enumerate(train_loader):
    if iter_id == 100:
        core.nvprof_start()
        core.nvprof_enable_record_event()
        core.nvprof_nvtx_push(str(iter_id))
    if iter_id == 110:
        core.nvprof_nvtx_pop()
        core.nvprof_stop()
        
    if iter_id > 100 and iter_id < 110:
        core.nvprof_nvtx_pop()
        core.nvprof_nvtx_push(str(iter_id))

执行如下命令生成 timeline 文件（参考：Paddle 30567）：

nsys profile -o my_report -w true -t cuda,nvtx,osrt,cudnn,cublas -s cpu --capture-range=cudaProfilerApi --stop-on-range-end=true --cudabacktrace=true -x true -o my_profile python train.py

在可视化客户端中加载此文件，效果如下：

image

2. 性能分析

2.1 如何看profile report

Profile Report中可以重点关注OP的调用次数，CPU时间和GPU时间。

  • 调用次数多的OP，很难从report中确定是否有优化空间，需要进一步结合timeline去发现是否有耗时异常的kernel。
    图片
  • 调用次数少，但是时间上占比不低的OP，可能是需要优化的
    图片
  • OP的CPU时间远远大于GPU时间，可能的原因一般有：
    • 框架执行调度问题，比较难排查，需要通过添加更细致的event，以及结合timeline去排查
    • OP运行过程中，引入了设备间的数据拷贝，在report中会直接打印出来。案例PR25810
      图片
    • OP的Compute中某部分CPU耗时较多，可以通过在c++端添加event去确认

2.2 如何看timeline

2.2.1 认识模型的timeline构成

timeline展示了模型训练过程中各个事件在时间轴上情况，模型训练时每一个step经历的阶段都是具有规律的，比如下图中的动态图模型timeline大致具有以下阶段：

数据读取 →前向计算→反向计算→optimizer参数更新→ClearGradient

图片

我们可以根据需要，通过nvprof_nvtx_push为一个step的不同阶段打上标记。

模型分析时，我们要关注timeline的哪些信息呢？

图中蓝色的矩形块显示了CUDA Kernel的执行，下面是CPU执行，左侧展示出了Kernel的GPU时间占比，可以结合这3部分确定模型的性能瓶颈。
图片

2.2.2 timeline常见的问题表现

timeline的表现可能有以下4种：下图中上面一行表示CPU执行，下面一行表示GPU执行

  • 理想场景：CPU和GPU资源都被充分利用
  • 问题场景1：CPU计算较快，GPU事件较高，通过优化CUDA Kernel缩短GPU时间，就缩短了一次迭代的耗时
  • 问题场景2：CPU计算较慢，GPU出现等待，timeline上会发现GPU Kernel之间有大段空白
  • 问题场景3：存在wait，比如上文中提到的设备间的数据拷贝等，需要等待GPU执行完，CPU才能开始执行
图片

模型中可能是多种问题的混合。

2.3 如何发现性能瓶颈

前面提到的Profile Report可以给我们相对宏观的统计信息，要定位具体的性能瓶颈，常常还需要结合timeline的表现。通常可以按照以下技巧：

  • 确认reader耗时的占比：两个step之间的间隔如果较大， 可能是reader的耗时比较大。Paddle使用DataLoader加载数据，该API的num_workers>0时，使用多进程方式异步加载数据。如果发现两个step间隔较大，可尝试调大这个参数。
  • 查看占比高的Kernel，如果耗时异常，这类kernel需要优化：
    • 占比高，耗时异常：下图中drad2d_grouped_direct_kernel占比高达62.6%，实际上这是conv_grad中调用的cuDNN的kernel。conv在CV模型中调用次数非常高，我们通过对比会发现这个kernel的执行时间远远高于其他conv_grad。
      图片
    • 占比高，耗时无明显异常，：batch_norm占比排第3，但是如果放大timeline去看，其实kernel的耗时并没有特别异常的。
      图片
  • 有些Kernel在特定的API配置下计算很慢，需要优化：例如下图中，占比7.6%的kernel，1个step调用了3次，但是其中最后一次耗时16 ms，而另外2个大概是几百us。这意味着，如果找出这个耗时异常的配置，对Kernel进行优化，模型的性能就会有比较明显的提升。
    图片
  • 不要忽略单个占比并不高的kernel：下图中有两个占比分别为1.4%的kernel。结合右侧timeline，会发现这2个kernel在1个step中都分别调用了1次，是在softmax_with_cross_entropy op里调用的，这个OP的GPU时间需要将这些kernel统计进去。
    图片
  • timeline上的空白：如果空白占比非常高，优化后会有比较明显的收益。
    • 静态图模型：如果kernel之间有较大空白，一般可以认为是框架开销。在一个GPU Kernel执行之前，框架会完成内存分配、组建ExecutionContext，InferShape，prepare data（可能存在设备间的数据拷贝），launch kernel。这些都是CPU时间，如果这段时间较长，那当前的这个kernel和上一个GPU Kernel之间可能就存在空白。
    • 动态图模型：还会受python端code的影响，当发现timeline上存在空白，需要结合python code去排查。
    • 一个例子：下图是一个动态图的timeline，最下面是CPU事件，可以看到记录的OP和OP之间都有空白，比如空白标记2。由于我们的profile是从c++端op run开始标记，在2个OP run之间，python端的开销，或者框架上其他的开销，都未被记录在timeline上。框架开销通常也比较难优化，但可以通过简单的方法排查是否有相对异常的？如果浏览timeline，发现CPU执行的部分，某个空白远大于其他的空白，可以优先排查下是不是python API的code造成了较大开销。对于空白1，它发生在conv2d这个OP中的2个GPU Kernel之间，如果要确认，可以优先在OP的compute中，添加一些event去看看哪段代码造成了这段空白。
      图片

2.4 其他问题

  • 如何评估一个优化点的性能收益

    • 确定一个step的平均时间，通常可以看模型的log中的batch_cost
    • 确定这项优化工作预期能将开销降低到多少，比如优化OP时我们可以通过对比竞品，大概知道这个OP的耗时能降低多少，估计出优化后的batch_cost，算出性能收益

  • 当timeline上发现某个kernel耗时严重，如何确认它的配置是什么？

    • 收集模型中该OP的所有配置，用op-benchmark跑一遍，找出耗时异常的OP。但收集过程会相对麻烦，目前动态图只能通过打印log。
    • 通过timeline分析OP在模型中的大概位置，然后结合模型的结构图，或者python代码，定位到这个配置。【举个栗子 pool2d】

  • 有一些OP占比高，就只能通过优化CUDA Kernel吗？

    • 不一定，例如混合精度训练中，常常出现，某个OP不支持float16类型，导致频繁的cast。假设OP2支持float32类型计算，其他OP都是float16算，那么混合精度训练中，将会像下面第2行类似，插入了较多的cast。
    • 明确原因后，我们可以对OP2支持float16类型，那么就能去除掉这些cast。
    OP1 -> OP2 -> OP3 -> OP4 -> OP2 -> OP5OP1 -> cast_to_float32 -> OP2 -> cast_to_float16 -> OP3 -> OP4 -> cast_to_float32 -> OP2 ->  cast_to_float16 -> OP5
  • 竞品Torch的profile教程
    • 执行命令：nsys profile -w true -t cuda,nvtx,osrt,cudnn,cublas -s cpu --capture-range=cudaProfilerApi --**stop**-**on**-range-**end**=true --cudabacktrace=true -x true -o my_profile python main.py
posted @ 2024-05-08 19:57  Aurelius84  阅读(201)  评论(0)  编辑  收藏  举报