生信-cufflinks输入输出文件分析

转自：https://wenku.baidu.com/view/8d6a95d20d22590102020740be1e650e52eacf2a.html

 输出包含3个文件：转录组的组装.gtf      转录本表达水平.fpkm_tracking      基因表达水平.fpkm_tracking  

1.转录组的组装.gtf   ——transcripts.gtf

转自:http://yangl.net/2016/06/03/cufflinks/

1.chrX来源染色体名称

2.来源，产生此文件的程序

3.结构，常为transcript或exon

4.开始

5.结束

6.得分

7.Cufflinks猜测isoform来自参考序列的那一条链，一般是'+','-'或'.'; 

8. Cufflinks不去预测起始或终止密码子框的位置 

9及以后是attribute的位置:

geneid;transcript_id;FPKM(Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped fragments)

frac 保留着的一项，忽略即可，以后可能会取消这个;conf_lo isoform丰度的95%置信区间的下边界，即 下边界值 = FPKM * ( 1.0 - conf_lo ) ; 

conf_hi isoform丰度的95%置信区间的上边界，即 上边界值 = FPKM * ( 1.0 + conf_hi ) ; 

cov 计算整个transcript上read的覆盖度;   

full_read_support yes 当使用 RABT assembly 时，该选项报告所有的intr ons和exons是否完全被reads所覆盖