conda环境备份

1.版本

python3.7

conda create -n sc_37 python=3.7

pytorch1.4.0   torchvision0.5.0

conda install pytorch torchvision cudatoolkit=10.0 -c pytorch

tensorboardx2.2

conda install -c conda-forge tensorboardx

使用

tensorboard --logdir=runs --bind_all

ok。

2.依赖的包

conda install -c conda-forge tqdm
conda install -c conda-forge pandas
conda install -c conda-forge scipy
pip install umap-learn
conda install -c conda-forge matplotlib
conda install -c conda-forge scikit-learn
pip install -U ray
pip install scanpy

https://www.cnblogs.com/BlueBlueSea/p/14781296.html，想使用tensorboard，仅仅

conda install -c conda-forge tensorboardx

是不够的，这样的话，在

from torch.utils.tensorboard import SummaryWriter

会报错，还需要安装tensorflow的。

tensorboardx在依旧需要tensorboard的支持，而安装tensorboard需要安装tensorflow。所以会涉及到版本依赖的问题。

目前版本情况是：

torch    1.8.0
tensorboardx    2.4
cuda    11.1
cudnn    8005

其中cudnn版本查看方法：

import torch
torch.backends.cudnn.version()

8005

 

 https://www.tensorflow.org/install/gpu

查看对应版本，但是目前使用的11.1版本的CUDA并没有对应的tf版本，所以最终还是选择11.0CUDA对应的tensorflow-2.4.0版本吧。

https://www.tensorflow.org/install/pip，用pip安装tf-gpu==2.4.0版本，首先尝试的是用conda命令：

conda install -c conda-forge tensorflow-gpu==2.4.0

但是报错：

PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:

  - tensorflow-gpu==2.4.0

没找到这个版本，所以使用命令：

pip install tensorflow-gpu==2.4.0

一切ok，直接下载，那么再次尝试导入SummaryWriter，就ok了。

3.安装jupyter

转自：https://blog.csdn.net/xiaozhun1223/article/details/99689841

conda install jupyter notebook
jupyter notebook --generate-config

[root@xxj]# ipython
In [1]:  from notebook.auth import passwd
In [2]: passwd()

    vim /root/.jupyter/jupyter_notebook_config.py
    #改几个地方：
c.NotebookApp.ip = 'xx.xxx.xx.xxx'            即对外提供访问的ip,云服务外网ip
c.NotebookApp.port = 8888                     即对外提供访问的端口
c.NotebookApp.open_browser = False            False即启动不打开浏览器
c.NotebookApp.password = u'sha1:XXXXX'   这个就是上面生成的秘钥
c.NotebookApp.notebook_dir = u'/opt/jupyter_dir' 即设置jupyter启动后默认的根目录

 关于密码：直接生成的开头是："password": "argon2:$argon2id....，不必要再加sha1，应该是argon2类型的密码。