annData格式
1.例子
1.1 obs
一维观测的注释,是数据框类型的。通过.运算符访问
访问其中的一个属性,就通过普通的dataframe来访问:
1.2 var
一维的针对特征的注释,返回数据框类型。
1.3 uns
无结构的标注,有序字典。
这个uns的部分不是针对行/列的,而是针对行和列标注的参数的(暂时这么理解),在上述中pbmc的obs中有louvain观测,那么在uns中就是运行louvain算法的参数。是以哈希形式存储的。
1.4 obsm
对观测的多维的注释,它是可变的ndarray,长度为n_obs,维度为2至多维。这里的m指的就是multi-dim多个维度的,和obs一个维度可以都放在一个数据框下不同。
如上,2至多维的ndarray
1.5 varm
描述特征的,与obsm相对。
1.6 obsp
针对观测的配对的注释,前两维都是n_obs,
比如点与点之间的距离和连通性。