安装monocle包

1.需要安装XML

Cannot find xml2-config

https://stackoverflow.com/questions/7765429/unable-to-install-r-package-in-ubuntu-11-04

sudo apt-get update
sudo apt-get install libxml2-dev

2.需要安装RCurl

Cannot find curl-config
ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’

https://github.com/sagemath/cloud/issues/114

sudo apt-get install aptitude

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

sudo apt-get install libxml2-dev

可以解决。

3.安装pylr

https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/monocle.html

 

 它所imports包包括pylr，但是pylr不支持4.0.3版本的R，就出现了矛盾，安装中断。那么关于monocle如何获取size factor还是从论文中去学习吧。

如果论文中没有的话，可以去GitHub上包中查看源码。