R splatter包学习

转自:http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/splatter/inst/doc/splatter.html

1.quickstart

library(splatter)
library(scater)# 创建模拟数据
set.seed(1)
sce <- mockSCE()
params <- splatEstimate(sce)

跑上面的代码时，出现了Error in mockSCE() : could not find function "mockSCE" 错误，emmm。

这个函数是scater包里的函数，引入了这个包为啥找不到函数呢。

可能是和R的版本有关系，我目前使用的是3.5.1，但有warning：

Warning messages:
1: 程辑包‘scater’是用R版本3.5.2 来建造的 
2: 程辑包‘ggplot2’是用R版本3.5.3 来建造的 

所以尝试使用3.5.2版本的R。

还是不行，依旧会报这个错误:

> sce <- mockSCE()
Error in mockSCE() : could not find function "mockSCE"

> sce <- scater::mockSCE()
Error: 'mockSCE'不是'namespace:scater'内的出口对象

 看到一个博客说可能是这个函数没有了，所以找到了包的手册。

 

 这个函数还是有的啊，而且给出了例子。

在library(scater)的过程中出现以下：

载入需要的程辑包：ggplot2

载入程辑包：‘scater’

The following object is masked from ‘package:S4Vectors’:

    rename

The following object is masked from ‘package:stats’:

    filter

Warning message:
程辑包‘ggplot2’是用R版本3.5.3 来建造的 

尝试> library('ggplot2') 在3.5.2下是可以正常使用的。

可能是3.5版本的都没有这个函数？？？

全网都搜不到相关的问题。

直接换3.6.2版本的R，在安装时还遇到了这个问题Do you want to install from sources the packages which need compilation

之前一直都默认选的yes，但是看来好像应该选no，https://community.rstudio.com/t/meaning-of-common-message-when-install-a-package-there-are-binary-versions-available-but-the-source-versions-are-later/2431

原来真的是因为R版本的问题，3.5的是没有这个函数的，只有3.6版本安装的scater包有这个。。。并且在选择上面问题时选择了no。emmm

最后，这个官方手册还是很不错的。

可以学习到不同group不同群体，也就是说，比如小鼠和人？还是说患病的人和不患病的人的同一组织的细胞？

2.log-normal

library size的normal和log之后的normal，有什么区别是需要注意一下的。

3.simpleSimulate

这个函数也是splatter包里的，

从一个简单的负二项分布仿真数据，没有library size和差异表达等。

4.与真实数据or分布的比较

 

忽然一下子明白了这个比较，simple它是根据负二项分布直接生成的数据， 而这里进行比较就是查看仿真的数据和负二项分布的差异，这个是一方面，可以用来对一个数据集是否符合负二项分布来说，也可以用来判断两个数据集的分布是否相似；非常有用的点！ 

5.cpm

作图多次出现这个单位，搜了一下https://www.jianshu.com/p/1a80c66a8510

流行的转换包括每百万次计数（CPM），每百万次计数（log-CPM），每千克转录本的读数（RPKM）和每千万转录本的百万分率（FPKM）。

 

//基本搞定，比较简单，可以用来仿真数据，并且对仿真结果与真实的对比。