12.5日学习记录
2.DE工作。
如果是指定了两种细胞类型,那么就从两种cell类型中取样n_samples,当然是越多越好,经过VAE模型获取到了px_scales(经过校正)表达的百分比,之后用它计算贝贝叶斯因子,是通过判断两个矩阵的大小,并且求均值,log(res/1-res)。
如果是1 vs all,那么就轮流求,取样当前1的细胞类型的细胞,并将其他cell作为另一类,然后计算基因的贝叶斯因子。
4.去批分为两种,一种是同一个数据集中不同批次,另一种是多个数据集下的不同批次,比想象的复杂一点。
在调试时会出现此信息。
6.NearestNeighbors https://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.neighbors.NearestNeighbors.html
#还是查文档好,接着就能看实现源码。
7.这个计算熵的可是真难理解:
score += np.mean( [ entropy( batches[#Returns a tuple of arrays (row,col) containing the indices kmatrix[indices].nonzero()[1][#找到权重不为0的 kmatrix[indices].nonzero()[0] == i ] ] ) for i in range(n_samples_per_pool)#100 ] )
终于明白了,举了个例子:
import numpy as np km=np.array([[0,0,1],[1,0,0],[0,1,0]]) indices=[0,2] print(km[indices].nonzero()[1][km[indices].nonzero()[0]==0]) #输出 [2] >>> km[indices].nonzero() (array([0, 1], dtype=int64), array([2, 1], dtype=int64)) >>> km[indices].nonzero()[0]==0 array([ True, False]) >>> km[indices].nonzero()[1] array([2, 1], dtype=int64)
8.使用交叉熵函数:
当fre趋向于0或者1时,即差不多都属于同一批次的时候,熵就趋向于0。
10.tf.onehot,原始和类别,根据类别数据转换为onehot类型的。
https://blog.csdn.net/nini_coded/article/details/79250600
import tensorflow as tf classes = 3 labels = tf.constant([0,1,2]) # 输入的元素值最小为0,最大为2 output = tf.one_hot(labels,classes) sess = tf.Session() with tf.Session() as sess: sess.run(tf.global_variables_initializer()) output = sess.run(output) print("output of one-hot is : ",output) # ('output of one-hot is : ', # array([[ 1., 0., 0.], # [ 0., 1., 0.], # [ 0., 0., 1.]], dtype=float32))
并且手动尝试了一下:
import tensorflow as tf a=tf.one_hot([0,0,0,1,1,1],2) with tf.Session() as sess: print(sess.run(a)) #输出 [[1. 0.] [1. 0.] [1. 0.] [0. 1.] [0. 1.] [0. 1.]]
11.tf.random_normal https://blog.csdn.net/dcrmg/article/details/79028043
b= tf.random_normal([10]) with tf.Session() as sess: print(sess.run(b)) #输出 [-0.7680359 0.9331585 0.14169899 0.75573707 -1.3931639 -0.7400114 0.58605003 1.8533127 -0.17746244 -1.0043402 ]
用于从服从指定正太分布的数值中取出指定个数的值。没有指定参数的话,就是标准正态分布。
12.没有激活函数的网络层?dense(h, self.n_input, activation=None)
https://cloud.tencent.com/developer/article/1061802(待看)
相当于f(x)=x。
14.搜索了ZINB的实现代码,未果,没有找到有类似的,
搜索 case_zero case_non_zero,找到了拟合ZINB分布的一个讲解,https://jdblischak.github.io/singlecell-qtl/zinb.html,看起来太复杂了。
就是说,计算ZINB似然的时候就是这么算的:
那么一般的似然值是如何计算的?似然值如何计算。
一般来说,给定参数θ以及服从的分布和原数据,就可以计算似然值,当前参数的似然值。但是现在我感觉好抽象,有没有个例子。