摘要：
卵巢癌，作为女性生殖系统中的一种常见恶性肿瘤，其高级别浆液性卵巢癌（HGSC）亚型尤其致命。尽管多数患者对初次治疗反应良好，但超过75%的晚期HGSC患者会在治疗后复发，并且对化疗药物产生耐药性。然而，在这些患者中，有15%的人能够成为长期存活者（LTS），他们的生存期超过10年，这些长期存活者（L 阅读全文
摘要：
写在前边 虽然现在是高通量测序的时代，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战，因此准备更新100个基因表达芯片或转 阅读全文
摘要：
前言 最近接触比较多肝纤维化项目，包括空转、单细胞和普通的BULK转录组，本文是肝脏疾病类器官构建，所以结果是比较确定的，只是对比不同处理和培养哪种效果更好，适合了解纤维化进展和哪些分子和细胞参与，以及其机制；此外本文数据使用Python分析数据的图很好看，之后可以复现一下。 摘要 代谢功能障碍相关 阅读全文
摘要：
从string-db下载蛋白质相互作用的信息，在处理时发现蛋白A与B互作被记录了两次比如下边的例子（即AB、BA） ```Bash df.drop_duplicates() # Symbol1 Symbol2 # Gnai3 Pdcl2 # Pdcl2 Gnai3 # Gm4340 Gm3376 # 阅读全文
摘要：
实际数据分析中遇到需求，把某个Excel表格按照某一列分为多个sheet，并且要求如果某个key对应的行数较少应该合并到一个sheet中。 ```Python import pandas as pd import bioquest as bq # https://jihulab.com/BioQue 阅读全文
摘要：
<~生~信~交~流~与~合~作~请~关~注~公~众~号@生信探索> 学习的第一个GATK找变异流程，人的种系变异的短序列变异，包括SNP和INDEL。写了一个SnakeMake分析流程，从fastq文件到最后的vep注释后的VCF文件，关于VCF的介绍可以参考上一篇推文基因序列变异信息VCF (Va 阅读全文
摘要：
写的数据预处理snakemake流程其实包括在每个单独的分析中比如种系遗传变异和肿瘤变异流程中，这里单独拿出来做演示用，因为数据预处理是通用的，在call变异之前需要处理好数据。 数据预处理过程包括，从fastq文件去接头、比对到基因组、去除重复、碱基质量校正，最后得到处理好的BAM或CRAM文件。 阅读全文
摘要：
![生信交流与合作请关注公众号@生信探索] 摘要 CD39可能作为膀胱癌（BC）潜在治疗靶点。抑制CD39能够抑制肿瘤生长和延长生存时间。通过单细胞测序发现CD39抑制介导了肿瘤微环境的改变。 背景 CD39是膜外三磷酸腺苷二磷酸水解酶-1，由ENTPD1编码。 功能：CD39与胞外ATP（extr 阅读全文
摘要：
需求：写一个多网页的网站，包括header、footer、菜单包括主页home、博客blog（外部链接到博客）、about（自我介绍页面） home页面包括一个旋转木马（几张图片循环播放）、再下边单个APP点击后进入可以分析）。 其中第一个APP是shiny APP，用外部网址链接到shiny网站， 阅读全文
摘要：
前言 27K的数据是很老的芯片数据，但是客户有需求就要找方法分析，主流的DNA甲基化芯片R包minfi和champ都只支持450K和850K的芯片。所以在bioconductor中搜索到了methylumi这个包，可以从idat读数据，经过质控得到beta值矩阵，之后用limma做差异分析。 可以参 阅读全文